classification

Coool, j'allais commencer la fiche, et puis ça a fait "tilt"... "Mais j'ai déjà fait ça l'an dernier...", eh oui, sur un leçon intitulée Les principes d'une classification phylogénétique (peut être que certain(e)s s'en souviennent, j'y avais passé du temps, j'avais galéré, mais j'avais A-DO-RE !!!

Alors, un petit copier-coller... Je vous mets aussi la partie sur "caractères" et "états de caractères", pour remettre des idées en place...

Des caractères et des états de caractères
Caractère = tout attribut observable d’un organisme.
Etat de caractère = les différentes « déclinaisons » de ce caractère par rapport à ce qu’on étudie (ex Darlu Tassy : si on étudie « les yeux », état de caractère peut être la couleur, ou bien absence/présence)

Types de caractères : (intrinsèque/extrinsèque (=écologie, géographie… Ils ne sont pas utilisés pour la reconstitution des phylogénies) et continus/discontinus)
- Morphoanatomiques
• Présence/absence d’une fosse temporale
• Apophyse styloïde massive ou gracile
- Physiologiques
• Reproduction interne/externe
- Comportementaux
• Chant des oiseaux
• Parades
- Cellulaires
• Nombre de membranes du chloroplaste
• Types cellulaires caractéristiques
- Moléculaires
• Séquence d’ADN = présence/absence d’un nucléotide, mais aussi présence d’un gène (comme les gènes Hox)
• Séquence peptidique = présence/absence d’un aa
• Présence/absence de molécules particulières (pigments, lipides…)

Les infos données par les différents types de caractères ne sont pas identiques (on n’a pas les mêmes infos avec les gènes qu’avec le comportement, et certains types de caractères sont inappropriés pour certains groupes, par ex, on ne peut chez les fossiles qu’utiliser les caractères morphoanatomiques.)

Des états primitifs aux états évolués = la polarisation
Ensuite, il faut polariser les critères, c'est-à-dire déterminer quels sont les critères primitifs (plésiomorphes) et les caractères dérivés (apomorphes). Pour cela, on peut utiliser plusieurs méthodes, et éventuellement, les recouper.

1. Le critère paléontologique
Premier critère de polarisation selon Hennig
Aussi appelé « critère de la précédence géologique », il dit que si, dans un groupe monophylétique, l’état d’un caractère est présent chez les fossiles anciens, et un autre état chez les fossiles récents, alors le premier état est plésiomorphe et le second apomorphe.

Problème : possible que quand il y a des fossiles. Or, on peut faire de la phylogénie sans fossile. Actuellement, ce critère est considéré comme auxiliaire et complémentaire des critères suivants (de plus attention car risque d’analogie entre ancien = primitif.)

2. Le critère chorologique
La chorologie est la distribution géographique des individus.
Si une espèce X se divise en deux espèces Y et Z, et si Z est plus éloignée géographiquement, alors l’état dérivé a’ apparait chez Z.
En fait, ceci arrive en complément des études précédentes. Les distributions géographiques ne sont pas à la source d’études cladistiques, au contraire, les études cladistiques permettent de reconstituer a posteriori des distributions géographiques. Nous y reviendrons.

3. Le critère de comparaison avec l’extra-groupe
Wiley (1976) (Hennig parlait de l’analyse de groupes apparentés)
Par définition, les états de caractères sont plésiomorphes : si le critère observé dans le groupe étudié est également présent à l’extérieur du groupe (c'est-à-dire dans l’extra-groupe), alors il est plésiomorphe pour le groupe étudié, sinon, il est apomorphe.
On compare les caractères selon des méthodes propres (anatomie comparée, séquençage…)
Prendre un ex : plume et écaille quand on étudie la parenté entre des oiseaux et des crocodiles.
Le choix de l’extra-groupe doit être pertinent : il doit être éloigné du groupe d’étude mais pas trop.

4. Le critère ontogénétique
Selon la théorie de la récapitulation de Haeckel = l’ontogénie récapitule la phylogénie.
En fait, à l’origine définie comme le fait que l’embryon récapitule lors de son développement la succession des états ancestraux, cette théorie est à reformuler.
C’est ce qu’a fait Nelson en 1978 : « étant donné la transformation ontogénétique d’un caractère depuis un état plus général vers un état moins général, l’état plus général est primitif, l’état moins général est évolué » (on parle même de règle de Nelson (Wheeler, 1990)). Autrement dit, pour un même caractère, les premiers états de caractères apparaissant lors de l’ontogenèse sont primitifs, plésiomorphes, le dernier est dérivé, apomorphe.
Ex des yeux des Pleuronectiformes
Ex des stades larvaires des Cirripèdes

Plésiomorphie et apomorphie, des notions relatives
Un caractère peut être plésiomorphe pour un groupe « précis », mais apomorphe si on élargit le groupe d’étude (ex la présence de 5 doigts est une synapomorphie des Tétrapodes, mais une symplésiomorphie des Primates)

OK pour tout le monde ???

Bon, ben déjà tu pars pas de zéro, c'est cool !

On se base surtout sur les états de caractères dérivés que les espèces ont en commun (si tu buggues sur ces mots, reprends la "fiche" sur la page précédente...et surtout pose des questions si tu ne comprends pas !! Y'a aucune honte !!)

On a un certain nombre de caractères, qui sont présents sous différents états. Ensuite, on fait une matrice, avec d'un côté les espèces, de l'autre les caractères. Et on remplit en disant si l'espèce a ce caractère dans l'état ancestral ou dans l'état dérivé.
Quand tu parles des critères moléculaires, il s'agit d'un type de caractères, mais on peut en utiliser plein d'autres ! (cf ma "fiche"...)

Ensuite, on utilise un principe, qui est le principe de parcimonie, qui dit que l'arbre le plus parcimonieux (on contruit un arbre et ensuite, le "but" est de placer les changements des états de caractère) est celui où il y a le moins de changements. (en fait, galère à expliquer sans exemple...)

Génial, j'ai trouvé ça : http://svt.ac-dijon.fr/schemassvt/article.php3?id_article=655

Alors, regarde, y'a la matrice, quand c'est écrit 0, ça veut dire que c'est un caractère ancestral. Quand c'est écrit 1, ça veut dire que c'est le caractère dérivé. Par exemple, pour l'amnios, ne pas en avoir est un caractère ancestral, en avoir est un caractère dérivé. OK ?

Ensuite, qu'est-ce qu'ils ont fait, ils ont regardé les espèces qui avaient le plus d’états de caractères dérivés en commun (1), donc ici crocodiles et poulet qui en ont 10, et donc on les regroupe. Ainsi de suite.

Puis, on place les changements (passage de 0 à 1, quand le caractère ancestral devient dérivé) sur l’arbre.
Par exemple, si tu regardes la matrice, les états de caractères dérivés de i et j ne sont présents que chez le poulet, donc ils apparaissent après la séparation « poulet/crocodile ».
Par contre, pour b, l’état de caractère dérivé existe chez toutes les espèces sauf la perche (soit dit en passant, tu remarques que chez la perche, tous les caractères sont à l’état ancestral, c’est normal, on parle d’extra-groupe), donc le caractère dérivé est apparu avant l’ancêtre commun à toutes ces espèces.

Revenons sur la parcimonie... (ensuite, je te laisse digérer tout ça et poser des questions...)
Prenons le caractère n. Il subit « un changement », c'est-à-dire qu’il passe une fois à l’état dérivé avant l’ancêtre commun à lézard/crocodile et poulet. Si on veut, on peut aussi dire qu’il est apparu 3 fois, une fois chez le lézard, une fois chez le crocodile et une fois chez le poulet. Mais dans ce cas, ça ferait 3 changements.
C’est en ça que c’est moins parcimonieux.


Bon, j’ai essayé d’être claire, mais pas certaine d’avoir bien réussi... Surtout demande moi, ok ???