Rappels de sémantique en évolution classification

Comme promis...

Donc avant tout, il faut savoir qu’on parle d’état de caractères. Un état de caractère primitif est dit plésiomorphe. Un état de caractère dérivé ou évolué est dit apomorphe.
Ensuite, on compare quand on fait de la phylogénie les états de caractères dérivés, donc les apomorphies, puisque seuls ils renseignent sur les liens de parentés.
Le partage d’état évolué de caractère entre des organismes est appelé une synapomorphie.
Une autapomorphie est une synapomorphie présent chez un seul groupe terminal.

Voilà, ça c’est fait. Passons à la suite !

Un groupe monophylétique est un groupe fondé sur des synapomorphies uniquement ! Alors on peut parler de clade et mettre une majuscule au nom de ce clade. Ils regroupent TOUS les descendants d’un ancêtre commun.
Un groupe paraphylétique est un groupe fondé sur des plésiomorphies. Ce n’est donc pas un clade et ça ne doit pas être utilisé en classification. Par ex, on ne doit plus parler de poissons (absence de pattes), d’invertébrés (absence de vertèbres)...
Un groupe polyphylétique est un groupe fondé sur une convergence. Ca n’est donc pas un clade non plus et n’a pas non plus sa place dans une classification. De cette façon, il faut donc oublier les pachydermes (peau épaisse) par ex.

Un petit schéma pour comprendre ? Non...

Exercice à partir de lundi : à partir de l’ancienne classif et de la nouvelle classif de la Lignée Verte, trouver un groupe monophylétique, un groupe paraphylétique et un groupe polyphylétique en justifiant (je ne l’ai pas encore fait, enfin presque... on m’a demandé ça à l’oral... j’avais merdé...)

Sources :
- Persos (mais plus que sûres en ce qui concerne ce sujet en particulier...)
- Darlu & Tassy, La reconstruction phylogénétique, concepts et méthodes
- Lecointre et Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant

Voilà, j'espère que ça vous servira un peu...

Bon courage !

c'est là qu'on doit répondre?

monophylétique je dirais: Monocot, Embryophytes, Angiospermes...

paraphylétique.... donc un groupe avec un ancêtre commun mais pas tous ces descendants....les gymnospermes --> ancêtre commun aux spermatophytes mais manque les Angiospermes, cycadophytes..

polyphylétique je dirais les ptéridophytes mais la j'ai un soucis --> lycophytes, filicophytes et sphénophytes (anciens ptérido) ont un ancêtre commun (noeud polysporangiophytes) donc à ce stade ils sont considérés paraphyllétique mais si on prend un noeud après licophytes et Sphéno/filicophytes n'ont plus dancêtre commun donc poly... du coup ca dépend à quel niveau de l'arbre on prend le groupe

Bérénice, c'est phyLétique (il n'y a qu'un seul L...)

Sont-ce vraiment les définitions de para- et poly-phylétiques ? "un groupe avec un ancêtre mais pas tous ces descendants ?", j'ai pas écrit ça il me semble...

Et oui, on peut répondre là... (et je vais réfléchir aussi, je balance des questions, faudrait p't'être que je sache répondre...)

Davidus a écrit:Ah oui, il y a un joli post ici

Pas grave

Pour la peine, t'as le droit de chercher l'exo aussi !

attention monophylétique, paraphylétique, y a qu'un l pas 2...

et puis citer le caractère que vous avez choisi... pour faire les groupes

les Rhodobiontes, les Bryophytes sont monophylétiques
les bryophytes, ptérydophytes, et gymnospermes sont paraphylétiques (ex des gymno : correspondent aux Spermaphytes en excluant les Angiospermes)
les algues vertes sont polyphylétiques (même pas, en faite, les euglenes font pas partie de la lignée verte) => je séche

OK moi j'avais fait à partir de ma classification simplifiée... je recommence alors
Un groupe monophylétique est un groupe fondé sur des synapomorphies uniquement ! Alors on peut parler de clade et mettre une majuscule au nom de ce clade. Ils regroupent TOUS les descendants d’un ancêtre commun. donc ici si on prend la synapomorphie "présence d'une fleur" les angiospermes sont un groupe monophyllétique, les marchantiophytes qui possèdent des spores à élatères aussi (ch ava comme ca?)

Un groupe paraphylétique est un groupe fondé sur des plésiomorphies. Ce n’est donc pas un clade et ça ne doit pas être utilisé en classification. Par ex, on ne doit plus parler de poissons (absence de pattes), d’invertébrés (absence de vertèbres)...
plésiomorphie: caractère primitif partagé.... l'absence de fleur était une caractèristique des ptéridophytes ainsi qu'une vascularisation, les ptéridophytes sont un groupe paraphyllétique (non là j'ai du mal à l'expliquer en fait)

Un groupe polyphylétique est un groupe fondé sur une convergence. Ca n’est donc pas un clade non plus et n’a pas non plus sa place dans une classification. De cette façon, il faut donc oublier les pachydermes (peau épaisse) par ex.les thallophytes sont polyphyllétiques. Ils étaient basés sur une convergence entre champignons et algues --> pas de tissus défini (cormus) et oogoniates

bérénice (qui a besoin d'un cours particulier de phylogénie avec un beau jeune homme brun aux yeux verts.. si si pour me motiver!lol)

les bryophytes sont monophyllétiques.... enfin je crois

les Bryophytes sont monophylétiques
les bryophytes, ptérydophytes, et gymnospermes sont paraphylétiques

y a pas comme une contradiction, là?
reprend la def des groupes..

Je vais me permettre de reprendre les définitions de Cattina. Le sujet posant problème à pas mal de monde, autant être le plus rigoureux possible.

Cattina a écrit:
Ensuite, on compare quand on fait de la phylogénie les états de caractères dérivés, donc les apomorphies, puisque seuls ils renseignent sur les liens de parentés.

Non : on compare tous les états pour tous les caractères. L'analyse permet de définir les états plésiomorphes et les états apomorphes. Seuls les états apomorphes partagés par au moins deux groupes sont utilisés pour réaliser des regroupements. Ce ne sont donc que les synapomorphies qui sont informatives (et non les apomorphies).

Cattina a écrit:
Le partage d’état évolué de caractère entre des organismes est appelé une synapomorphie.

C'est dit maladroitement :
Un état de caractère dérivé partagé par au moins deux groupes est appelé une synapomrphie
CETTE DEFINITION EST FAUSSE A DESSEIN (sinon je réponds moi même à ma question ci-dessus posée à Manoo...)

Cattina a écrit:
Une autapomorphie est une synapomorphie présent chez un seul groupe terminal.

Ben non... Puisque l'autapomorphie n'est par définition pas partagée (présente chez UN groupe), ce n'est pas une synapomorphie (préfixe "syn" = partage).

Cattina a écrit:
Voilà, ça c’est fait. Passons à la suite !

OK, mais là je verrai la suite plus tard

Cattina a écrit:
Sources :
- Persos (mais plus que sûres en ce qui concerne ce sujet en particulier...)

On peut mettre la patrone en boite ou on risque le ban définitif ?
:fou:

ange35 a écrit:les Rhodobiontes, les Bryophytes sont monophylétiques
les bryophytes, ptérydophytes, et gymnospermes sont paraphylétiques (ex des gymno : correspondent aux Spermaphytes en excluant les Angiospermes)
les algues vertes sont polyphylétiques (même pas, en faite, les euglenes font pas partie de la lignée verte) => je séche

Ca, ça vaut zéro point Nan, j'abuse, mais il faut JUSTIFIER... Surtout que si tu sais dire qui est quoi, c'est que tu sais pourquoi... A l'oral, un membre du jury te demandera de justifier, fais le avant qu'il ne te le demande, il préférera, et il verra que tu sais. Et... c'est aussi ce qu'on demande à nos élèves, alors soyons bons élèves nous mêmes...

David,

ok pour tes corrections sur les premières définitions, je suis ok.

Par contre, je ne laisserai pas passer l'autapomorphie, c'est pas moi qui le dit, c'est pas ma source que je ne citerai pas, c'est Darlu & Tassy...

Je cite :

"Les caractères présents dans un seul taxon terminal – qui ne permettent pas d'émettre des hypothèses de parenté entre groupes – sont des autapomorphies [...]. Si un taxon terminal est constitué de groupes d'espèces, les autapomorphies de ce taxon sont les synapomorphies des espèces qu'il regroupe."

On chipote, on chipote, mais bon...

Bérénice, un seul L !!!! (c'est pour que ça te marque et que tu retiennes !!! )

Je reviens là dessus... Après manger et vaisselle ...

Cattina a écrit:
Par contre, je ne laisserai pas passer l'autapomorphie, c'est pas moi qui le dit, c'est pas ma source que je ne citerai pas, c'est Darlu & Tassy...

Je cite :

"Les caractères présents dans un seul taxon terminal – qui ne permettent pas d'émettre des hypothèses de parenté entre groupes – sont des autapomorphies [...]. Si un taxon terminal est constitué de groupes d'espèces, les autapomorphies de ce taxon sont les synapomorphies des espèces qu'il regroupe."

C'est très très tiré par les cheuveux !! Que disent Darlu & Tassy, si je traduit le passage que tu as collé : une autapomorphie -qui est l'état dérivé d'un caractère présent uniquement chez un groupe terminal- n'est pas une synapomorphie (elle n'est pas informative), sauf si le taxon terminal n'est pas vraiment terminal mais est en fait un groupe d'espèces, qui seront donc les vrais taxons terminaux. Hum

Tu as encore coupé un morceau : [...]
Tu peux me dire à quelle page se trouve la définition, que j'aille y voir complètement ?

Merci !

Cattina a écrit:
On chipote, on chipote, mais bon...

Non, tu as raison, on est loin du chipotage !

Réponses en gras...

C'est très très tiré par les cheveux !! Oui peut être... N'empêche que c'est pour ça que je l'avais mis...Que disent Darlu & Tassy, si je traduit le passage que tu as collé : une autapomorphie -qui est l'état dérivé d'un caractère présent uniquement chez un groupe terminal- n'est pas une synapomorphie (elle n'est pas informative), sauf si le taxon terminal n'est pas vraiment terminal mais est en fait un groupe d'espèces, qui seront donc les vrais taxons terminaux. Hum Ouais, en gros c'est ça... Lol
Tu as encore coupé un morceau : [...] Eh, pourquoi "encore" ??? J'ai jamais fait ça moi !!! C'est parceque c'était les exemples mais avec des lettres Y et Z...

Tu peux me dire à quelle page se trouve la définition, que j'aille y voir complètement ? p33 dans le chapitre "La méthode cladistique"

Merci !
De rien

Cattina a écrit:[ une autapomorphie -qui est l'état dérivé d'un caractère présent uniquement chez un groupe terminal- n'est pas une synapomorphie (elle n'est pas informative), sauf si le taxon terminal n'est pas vraiment terminal mais est en fait un groupe d'espèces, qui seront donc les vrais taxons terminaux

je veux pas ajouter à la confusion de ce post à échanges musclés ... mais je comprends ici qu'on dit autapomorphie si on considère le taxon entier et synapomorphie si on considère les espèces (donc les petits groupes) qui le composent .... donc tant que le référent est un groupe unique autapo et dès que le partage est possible (plusieurs groupes) synapo.

Malgré ma médiocrité en phylogénie, je tente une remarque ; il me semble "dangereux" d'associer des groupes à des états de caractères dérivés ou primitifs et donc à des synapomorphies vu que cet état de caractère dépend notamment de l'endroit où l'on se place sur l'arbre non ?.......

je ne sais pas si je suis claire????

chapara a écrit:les bryophytes sont monophyllétiques.... enfin je crois

les Bryophytes sont monophylétiques (c'est un clade, définit suivant un certains nombres de caractères dérivés propres)
les bryophytes sont paraphylétiques et comprennent les Marchantiophytes, les Anthocérophytes et les Bryophytes (en gros, ce sont des Embryophytes qui n'ont pas caractères des Polysporangiophytes (qui peuvent être confondu avec les Trachéophytes => trachéides))

colisa a écrit:

les Bryophytes sont monophylétiques
les bryophytes, ptérydophytes, et gymnospermes sont paraphylétiques

y a pas comme une contradiction, là?
reprend la def des groupes..

ben, désolée, mais ça colle avec mes définitions qui sortent du Lecointre
(désolée, la flemme de tout récrire, j'suis à moitié malade, là)

sabinem a écrit:cet état de caractère dépend notamment de l'endroit où l'on se place sur l'arbre non ?.......

Oui, c'est pas exactement bien dit je pense mais c'est ça... Selon l'endroit où tu te places un arbre, un état de caractère peut être une synapomorphie ou une plésiomorphie.

Pour reprendre un ex "classique" pour ceux qui connaissent... Désolée, mais c'est celui que j'ai retenu de l'an dernier...
Pour les Pleuronectiformes (les poissons plats), avoir une symétrie oculaire est une symplésiomorphie vu que tous les poissons plats possède cet état de caractère. Par contre, au sein du monde animal (pour faire large...), cette asymétrie est une synapomorphie des Pleuronectiformes.

C'est ok pour vous ? Ou autre ex nécessaire ?

ange35 a écrit:
ben, désolée, mais ça colle avec mes définitions qui sortent du Lecointre
(désolée, la flemme de tout récrire, j'suis à moitié malade, là)

Pas de soucis, très bien le scan.

Mais il faudrait revenir sur la notion d'ancêtre en phylogénie. Tu écris qu'un groupe monophylétique comprend une espèce ancestrale et tous ses descendant (NDLR : et UNIQUEMENT ses descendants). Mais l'ancêtre en phylogénie n'est pas une espèce.

C'est un ancêtre hypothétique qui n'est rien d'autre qu'un groupe d'états de caractères. On n'est pas dans la réalité, on est dans la construction d'hypothèses.
On ne peut pas mettre de nom d'espèce (ou autre niveau taxonomique) sur les noeuds.

C'est assez importants mais souvent mal compris (alors que c'est tout bête) car assez en désacord avec le "sens-commun" ou "l'interprétation intuitive" d'un arbre, je sais pas comment appeller ça

Cattina a écrit:
Pour reprendre un ex "classique" pour ceux qui connaissent... Désolée, mais c'est celui que j'ai retenu de l'an dernier...
Pour les Pleuronectiformes (les poissons plats), avoir une symétrie oculaire est une symplésiomorphie vu que tous les poissons plats possèdent cet état de caractère. Par contre, au sein du monde animal (pour faire large...), cette asymétrie est une synapomorphie des Pleuronectiformes.

C'est rigolo, ça me rapelle le groupe de prédilection d'un Brestois, son nom m'échappe
Me trompe-je

Chuuuuut... :H10:

ben, désolée, mais ça colle avec mes définitions qui sortent du Lecointre

c'est bien pour celà qu il faut préciser de quel caractère on parle...
tu mets le B car tu parles d'un clade mais il y a la justification derriere, et bryophyte car ce n'est plus un clade mais pareil faut justifier...
comme tu l'as fait après

Davidus a écrit:

Cattina a écrit:
Pour reprendre un ex "classique" pour ceux qui connaissent... Désolée, mais c'est celui que j'ai retenu de l'an dernier...
Pour les Pleuronectiformes (les poissons plats), avoir une symétrie oculaire est une symplésiomorphie vu que tous les poissons plats possèdent cet état de caractère. Par contre, au sein du monde animal (pour faire large...), cette asymétrie est une synapomorphie des Pleuronectiformes.

C'est rigolo, ça me rapelle le groupe de prédilection d'un Brestois, son nom m'échappe
Me trompe-je

Pour ceux que cela intéresse, La recherche n°422 de septembre, "Le poisson plat qui manquait", un article sur la découverte de deux fossiles de poissons plats primitifs (Amphistium et Heteronectes) datant de 45 ma et présentant seulement un début de migration de l'oeil mais sans franchir la ligne médiane.

c'est une brève ou un article?

et bien tout ça remet les idées en place. Merci à tous d'être aussi tatillon sur le vocabulaire utilisé. J'ai appris plein de chose dans ce post.

Céline