PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par chapara le Ven 14 Nov - 17:10

oui Manoo ma partie comme ca ets mauvaise je suis d'accord
mais ce qui me dérange c'est que aucun d'entre vous ne parle de gène dans son plan... et je trouve que ca manque

perso j'avais fais rapidement

I du gène à l'ARN
1) initiation
2) élongation$
3à maturation
4) transport hors du noyau

II de l'arn à la protéine
1) acteurs de la traduction
2) les étapes de la traduction

III de la protéine initiale à la protéine mature
1) mise en place de la structure
2) activation par clivage
3) polymérisation

bon en gros le même que toi (sauf que à cette époque je détaillais po mais alors po du tout... si bien que du coup je sais même pas moi même ce que j'aurais mis..)

bref le commentaire de la prof a été : je partirais en première partie de la notion de gène et rappels des expériences historiques 1 gène une protéune avec critique de cette notion puis II transcription et régulation et III traducation et régulation (et je suppose maturation)

et après réflexion en effet je m'étais que cette notion de gène manquait...

vous détaillez tous ce à quoi on arrive mais pas de quoi on part... c'est pas logique

quand on dit racontez moi votre vie de votre enfantce à l'âge adulte--> vous allez faire adolescence à nos jours? en zappant l'endance?
(parallèle très très tité par les cheveux je sais)

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Davidus le Ven 14 Nov - 17:25

Manoo a écrit:
ici tu es "pour" un plan bateau je pensais le contraire

Oui je suis pour un plan bateau parce que rien d'autre de logique, d'intelligent et permettant de faire le tour de la question (càd dérouler l'ensemble des connaissances) ne me vient à l'esprit.

Mais si un joli plan "pas bateau" peut émerger de ce sujet je prends ! Mais je doute que ce soit possible tant le sujet aiguille le sens du plan !

Voilou. Sinon, ok avec toi : ne pas faire de partie spéciale régulation (ça fait très "bébêtte" et c'est le meilleur moyen de revenir n fois sur des choses déjà exposées) mais présenter les phénomènes de régulation "au fil de l'eau".

A+ !
David

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Ven 14 Nov - 17:28

bah
Bérénice
je suis pas d'accord

lorsque je fais mon I

j'aboutis à la fin à une grande partie de la notion de gène, d'un point de vue structure, on voit petit à petit de quoi c'est fait promoteur, enhancer etc etc et moult choses

c'est seulement à la fin de la leçon que l'on a une notion de gène complète ainsi qu'une notion de protéine fonctionnelle

autre chose, si tu parles de gène dans le I pour en arriver à la notion de gène, dans ce cas tu vas forcément passer par la notion d'ARN et de protéine, car outre le fait d'être une séquence, le gène est aussi une sorte de modèle pour quelque chose, ici uniquement les protéines et c'est ça que l'on montre avec la leçon

en intro, la notion d'héritabilité doit être déjà donné on part de là, et construit le reste durant toute la leçon
en conclu éventuellement on évoque me fait que certains gènes ne sont pas traduits juste transcrits

ah mais non je suis bête, tout ce qui est ARNt ARNsn ARNr ne donne pas de protéines, donc on en parle

je pense que faire une partie sur le gène est d'une part redondant avec la suite et se suffirait pour le côté historique en intro

ceci n'est qu'un point de vue, le mien, il vaut ce qu'il vaut

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Ven 14 Nov - 17:30

D'autres avis sur la question ? (une partie consacrée au gène ou pas?)

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Caroline (kro) le Ven 14 Nov - 18:58

Bonjour,
je n'ai pas pensé à écrire "structure" mais pour moi çà allait avec la dernière sous-partie, le 1er point: modifications chimiques etc...
J'en ai fait sur l'exportation car il me semble que certaines protéines deviennent fonctionnelles près de leur lieu d'action, comme certaine enzymes...
par "utilisation" je pensais à sites d'actions etc, c'est vrai que c'est un peu limite par rapport au sujet.
Mon plan manque aussi d'exemples précis.
Enfin, pour répondre à la question, je ne pense pas qu'il faille faire une partie entière sur le géne, mais il faut tout de même aborder la notion et l'historique soit en intro sous dans une sous-partie
Smile

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Caroline (kro) le Ven 14 Nov - 19:00

"soit" dans une sous partie pas "sous"
mémère fatigue en fin de journée, et ti collègiens très très casse-pieds cet après-midi!!
:marre:

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Ven 14 Nov - 19:04

non ce que je pense limite dans le sujet c'est la dégradation car tu t'arrête à la protéine fonctionnelle pas sa dégradation

à la limite son utilisation ça passe encore! tu montre en quoi elle est fonctionnelle donc bon...

mais la dégradation de la protéine serait plutôt dans un sujet, "du gène à la protéine qui a fonctionné" par ex
tu comprends ce que je veux dire?

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Caroline (kro) le Ven 14 Nov - 21:57

oui m'dame!

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Dim 16 Nov - 20:45

Bon alors, celui là, il fait consensus ???

On prend lequel ?

En fait, j'ai même pas lu les dernières propositions Embarassed je vais y revenir aussi... D'autres donnent leurs avis ?

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Dim 16 Nov - 20:50

y a que 2 plans ici on dirait

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Mar 18 Nov - 7:58

Bon, j'ai ait des commentaires hors ligne hier soir, mais pas le temps de les poster ce matin, je mets ça dans l'am. En attendant, pas de nouveau PDS? on en a 2 en attente, faut les finir Wink !

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Mar 18 Nov - 18:10

Je commence par Caroline

Intro :
Historique : 1865-1900, Mendel et hérédité ; 1910-1915, travaux de Morgan sur la Drosophile, théorie chromosomique de l’hérédité ; 1941 : relation 1 gène-1enzyme par Beadle et Tatum. Progrès en bio mol=>modalités synthèse protéines entre 1952 et 1970. Depuis séquençage du génome, génie génétique. Après lecture du plan, je me demande si on pourrait pas le mettre dans le développement, cf tout à a fin, pour explication...
Définitions : gène (portion d’ADN codant une protéine, acide nucléique, bases azotées…), protéine (unités= AA, configuration/fonction), Eucaryotes (organisme avec un vrai noyau, ADN sous forme de chromosomes grâce protéines histones…).
Comment un gène code-t-il une protéine chez les organismes Eucaryotes ?
Annonce du plan.

I. Du gène à l’ARN messager.
1. Modifications de l’ADN. Moi, je garderai l’idée du « du ... à ... » donc du gène à l’ARN pm enfin, c’est une idée...
• Modèle du nucléosome et solénoïde ; Décondensation de la chromatine par des protéines puis condensation ; Déméthylation, acétylation des histones.
• TRANSCRIPTION de l’ADN : complémentarité des bases, complexe enzymatique (ARN polymérase, initiation (boite TATA du promoteur, facteurs D, B, F-ARMpolymérase, E et H se fixent, complexe prêt à transcrire ; schéma)- élongation-terminaison, promoteur-gène (brin codant)- terminateur ; enhancer/silencer.

2. Modifications de l’ARN. De l’ARNpm à l’ARNm
• Maturation : Epissage alternatif de l’ARN primaire (introns et exons, spliceosome), séquence guide, segment codant, séquence remarque, coiffe 5’ (m7G triphosphate), queue polyA. (schéma)

Transition : toutes ses étapes= dans noyau, 3 points de régulation, le 4ème= ctrl par les pores nucléaires. Début du schéma bilan : partie dans le noyau, étapes + points de régulation. Bien la construction du schéma bilan au fur et à mesure !

II. De l’ARNm à la protéine.
1.de l’ ARNm cytoplasmique au polypeptide.
• Stabilité grâce à PUPA.
• Durée de vie, ribonucléases.
• TRADUCTION de l’ARNm : universalité du code génétique, initiation par un codon de départ (petite su ribosomique, ARNt+met, GTP=>GDP, fixation grande su ribosomique), élongation ( 1er ARNt site P, 2nd site A (codon-anticodon), liaison peptidique, translocation, GTP=>GDP, ARNt site P->site E->libéré, site A->site P, cyclique ; schéma), terminaison (codon stop, libération 2 su ribosomique et polypeptide, dégradation ARNm). (schéma)

2. Du produit polypeptidique à la protéine fonctionnelle. Long... Non ? mais je vois pas trop comment faire plus court...
• Régulation par les protéosomes, clivage, modifications chimiques, ciblage des protéines à destination du RE (PRS, protéine réceptrice, séquence signal…schéma).
• Régulation de l’exportation.
• Utilisation et dégradation de la protéine=>AA libérés.

Schéma bilan suite : partie dans cytoplasme et RE, avec 3 grands points de régulation.

Conclusion :
Résumé : Synthèse protéine chez Eucaryotes nécessite plusieurs points de régulation pour obtenir une protéine fonctionnelle.
Ouvertures : synthèse des protéines chez Procaryotes, détournement machinerie par virus, familles multigéniques. : Pb : il n’y a pas de gène chez les Procaryotes ? Quelles sont les différences ? Ne faudrait-il pas en parler ? Ce n’est pas précisé dans l’intitulé... ?

A Manoo... Wink

Intro : de la particule au gène

Beadle et Tatum idem que Caroline, à suivre...
Dogme de Watson et Crik
Pb :comment du gène arrive-t-on à une protéine fonctionnelle ?

Injecté la régulation à tous les niveaux oui, ok

I] du gène à l’ARN
A/ initiation de la transcription
Lieu de la transcription : il a des « compartiments » spéciaux dans le noyau et pareil que Caroline, et les procaryotes ??? Ce sont les grands oubliés de vos leçons... Voire les virus aussi, ils ont des gènes aussi... Ah, ben si tu en parles des ProK, alors pourquoi tu parles ici des compartiments ??
1- reconnaissance du site
- chez les « procaryotes » holoenzyme migre jusqu’au promoteur qu’elle reconnaît via facteur sigma
- recrutement facteur de transcription pour eucaryotes (base de la différenciation cellulaire)
=> mise en évidence des zones de régulation de l’initiation par empreintes de DNAase I
Séquences consensus (TATA box, motif TTG, ou encore région riche en CG très en amont de la zone de transcription)
Tout est une histoire d’allostérie et de complémentarité

2- une étape de régulation
(quand ça va, je vire pour que ça soit plus court, ok ?)

B/ l’élongation de l’ARN
Montrer que sur séquence, il y a des emboitements de brins matrices via différents sites de démarrages ??????????? euhhh... I don’t know...

C/ fin de la transcription
1- une fin prématurée
Euh, ben moi, je commencerai pas par ça quand même, c’est pas le cas de la majorité des protéines ! Mais bien de pas l’avoir oublié !!

2- présence d’un signal de terminaison
3- absence d’un signal de terminaison

Cl : un gène des ARN

II] De l’ARN à la chaine peptidique
A/ du pré-ARN à l’ARN mature
1- des ajouts « protecteurs »
2- épissages
a) communs
Je pense ne parler que des ARNm (???????) oui, parceque ce sont eux qui donneront les protéines, ça se justifie facilement !

b) les trans-épissages
3- maturation différentielle
4- les retouches
a) superficielles
b) profondes

Cl : un pré-ARN des ARN matures

B/ de l’ARN mature au peptide
Dans le cytoplasme
Lieux précis
Transport des ARN vers le cytoplasme = une étape à part entière chez Euk
C’est même un niveau de régulation (ex VIH)
J’hésite à en faire une partie, il y a pas mal à dire, mais est-ce vraiment dans l’esprit de cette leçon ? ok avec toi, le dire, mais pas plus, y’a déjà tellement à dire et effectivement, ça sort un peu du cadre...

1-initiation
a) une étape régulée
encore une fois, moi, je mettrai la régulation après... d’abord on voit comment ça marche, après, on voit comment c’est régulé...
b) reconnaissance du site d’amorçage

2- élongation
3- terminaison

Cl : ARN sont dégradés, selon leur type, durée de vie variable
Un ARN des chaines peptidiques
Un gène, des ARN, des chaines peptidiques

III] de la chaine peptidique à la protéine fonctionnelle
Cytoplasme golgi, RE ou mito

A/ les ajouts sur la chaine peptidiques
1- sur les AA
2- fixation de chaîne latéral
3- ajout de groupement prosthétique
B/ de la chaine à 2D à la protéine en 3D
1- maturation protéolytique
2- mise en place des pont SS
3- les interactions inter-chaines
C/ l’obtention d’une protéine IV

Cl : un gène des protéines, des peptides, des ARN divers
selon régulation etc

Bon alors voilà mon gros problème : vos leçons, elles sont toutes belles, elles sont complètes MAIS elles racontent une histoire... Ca n’est pas des sciences... Vous dites ça se passe comme ça, et comme ça puis ainsi... sans expérience, sans rien... Le problème c’est que vous voulez respecter l’ordre chronologique, et donc c’est difficile parceque pour comprendre comment ça marche, en fait, il faut d’abord comprendre la relation entre la protéine et le gène (et tous les pb du dogme « un gène, une protéine »)... Je pense qu’une partie historique s’impose en fait ici, pour montrer que cette leçon a un sens, qu’effectivement, on passe du gène à la (aux...) protéine(s). Comment on a fait, enfin comment ont fait les scientifiques ? Ils ont dit ok, y’a une relation entre le gène et la protéine, puisqu’une mutation du gène donne une protéine erronée (là tout con, plein d’ex de maladie, drépanocytose, mucoviscidose...) Ca, peut être en intro, pour amener le pb... Mais on a un problème : l’ADN, chez les EuK, il est dans le noyau, et les protéines, elles sont synthétisées dans le cytoplasme, ben mince alors... Bah alors, c’est simple, faut un intermédiaire, c’est quoi ? L’ARN... (Jacob et Monod ? Je suis plus certaine des noms, et j’ai pas le net pour vérifier... c’est pas dans le Campbell ) Et là vous avez la logique de votre plan, qui va rester chronologique, mais qui est expliqué, justifié...
Ensuite, n’oubliez pas de mettre des expériences historiques, comment on a découvert le code génétique etc...
Et je répète (surtout pour Caroline), ne pas laisser les proK de côté, ni les virus (ok, là juste les citer, ou dire en intro qu’on les écarte car trop de trucs à dire...). Pourquoi pas faire un tableau comparatif EuK, ProK, tout est différent, du gène (monocistronique ou polycistronique) aux modalités de transcription traduction...

Voilà... Qu’en pensez vous ? Je trouve que ça reprend vos idées, mais avec un côté expérimental, qui manque pour justifier...

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par chapara le Mar 18 Nov - 18:50

Cattina a écrit:
Je pense qu’une partie historique s’impose en fait ici, pour montrer que cette leçon a un sens, qu’effectivement, on passe du gène à la (aux...) protéine(s). Comment on a fait, enfin comment ont fait les scientifiques ? Ils ont dit ok, y’a une relation entre le gène et la protéine, puisqu’une mutation du gène donne une protéine erronée (là tout con, plein d’ex de maladie, drépanocytose, mucoviscidose...) Ca, peut être en intro, pour amener le pb...

..

ben moi c'est ce que j'avais dis mais on m'a dit que ca servait à rien ici un I sur historique... alors ben comme je suis dans autre chose j'ai pas développé!

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par chapara le Mar 18 Nov - 18:52

chapara a écrit:perso j'avais fais rapidement l'année dernière hein..

I du gène à l'ARN
1) initiation
2) élongation$
3à maturation
4) transport hors du noyau

II de l'arn à la protéine
1) acteurs de la traduction
2) les étapes de la traduction

III de la protéine initiale à la protéine mature
1) mise en place de la structure
2) activation par clivage
3) polymérisation

bon en gros le même que toi (sauf que à cette époque je détaillais po mais alors po du tout... si bien que du coup je sais même pas moi même ce que j'aurais mis..)

bref le commentaire de la prof a été : je partirais en première partie de la notion de gène et rappels des expériences historiques 1 gène une protéune avec critique de cette notion puis II transcription et régulation et III traducation et régulation (et je suppose maturation)
et après réflexion en effet je m'étais que cette notion de gène manquait...

vous détaillez tous ce à quoi on arrive mais pas de quoi on part... c'est pas logique


je te remonte ce que j'avais mis histoire que tu cherche pas de partout...

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Mar 18 Nov - 19:42

je comptais mettre des expériences chaque paragraphe ou essayer

mais je l'ai dit c'est pas détaillé

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Mar 18 Nov - 20:27

Oui, j'avais compris, mais c'est pas la logique historique... Tu vas faire une expérience pour montrer qu'on passe de l'ADN à l'ARN, ok, mais comment tu le sais que y'a de l'ARN ? C'est ça le truc... Tu comprends ?

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Mer 19 Nov - 4:50

pour moi ça serait plutôt dans les transitions
j'y avais réfléchi justement, et avait hésité à mettre les mots clef dans les titre, je voulais même mettre "intermédiaire"

bah je sais pas

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Mer 19 Nov - 10:02

Je pense qu'un titre du genre "nécessité d'un intermédiaire" peut coller... Faut voir... Si j'ai le temps, j'essaierai de faire un plan, mais promets rien...

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Caroline (kro) le Mer 19 Nov - 16:59

j'ai écarté les Procaryotes & Co car le sujet est "chez les Eucaryotes"!! C'est déjà sportif de faire cette leçon dans les temps, donc j'ai juste fait une ouverture dessus pour tendre une perche au jury pour des questions... Rolling Eyes

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Mer 19 Nov - 17:05

Embarassed

C'est moi qui donne le sujet, et j'avais même pas fait gaffe... Sad Sorry, sorry !! J'ai trop la honte...

Mais bon, pas grave, on dira que ça servira pour un sujet d'écrit où on préciserait pas... Wink

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Caroline (kro) le Jeu 20 Nov - 12:31

:rire:

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Jeu 20 Nov - 13:52

bah mince

j'avais pas tilté aussi mais là normal et de ma faute, pas fait d'intro!!! comme quoi, Neutral
faut préparer une intro étayée quand on fait une leçon, sinon on cerne pas le sjt, (note pour moi même)

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par chapara le Ven 21 Nov - 12:19

non on ne se moque pas de la patronne c'est pas bien....


Spoiler:
:haha: :rire:

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Dim 30 Nov - 17:16

Bon allez, je relance les PDS après une semaine de présence sporadique au sein du forum... Je relance celui là parceque on devrait pouvoir trouver un plan consensus, non ?

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Dim 30 Nov - 17:26

bon je vais voir pour celui là

mercredi ma formation est annulée

j'ai pas mal avancé ce week-end sur les cours (il reste que 3 semaines donc ça devrait aller)

si j'arrive à finir de préparer tous mes supports pour la semaine ce soir et mes devoirs de vacances pour les 3 classes

ça devrait le faire malgré la semaine plein de conseil où je vais rentrer tard

mais bon j'ai pas grand chose à par mes fiches (très complet et hautement vérifié lol) et le Karp

donc je détaillerai avec ça ce sera peut-être pauvre


enfin j'essaierai de trouver le temps

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