PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

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PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Lun 10 Nov - 0:21

Bon, allez, je fais ma gentille Wink... Après un sujet difficile la semaine dernière, en voici un qui devrait, du moins du point de vue connaissance, poser moins de pb... J'attends donc des plans plus détaillés Twisted Evil !! Wink (je vais me faire hurler dessus par ceux qui détestent la ... génétique ! mais vous avez échappé à un sujet affraid ... je le garde pour plus tard :drunken: )



Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes



Allez, pas de réponse avant mercredi midi !

Bon courage !!


Dernière édition par Cattina le Jeu 2 Avr - 12:57, édité 2 fois

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Lun 10 Nov - 5:03

:sautille:

celui là je vais le faire!!!!!!!!!!

en fait l'autre aussi sur les profils mais pas tout de suite et (moins détaillé)

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par ange35 le Lun 10 Nov - 12:52

Cattina a écrit:je vais me faire hurler dessus par ceux qui détestent la ... génétique !

Cattina !!!!!



Tu as choisi ce sujet expres pour moi, c'est ça, hein >_<

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Lun 10 Nov - 13:41

Ouh, heureusement que c'est pas cette semaine que tu viens chez moi, j'aurais peur... :pale:

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Caroline (kro) le Lun 10 Nov - 17:04

trop fort c'est ce que j'ai bossé ce week end, un peu rapidement certes, mais bosser quand même!! Va falloir que je me trouve une heure pour potasser un plan!! Very Happy

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Mer 12 Nov - 16:27

Voici le plan que je poste pour Caroline ! Smile

Intro :
Historique : 1865-1900, Mendel et hérédité ; 1910-1915, travaux de Morgan sur la Drosophile, théorie chromosomique de l’hérédité ; 1941 : relation 1 gène-1enzyme par Beadle et Tatum. Progrès en bio mol=>modalités synthèse protéines entre 1952 et 1970. Depuis séquençage du génome, génie génétique.
Définitions : gène (portion d’ADN codant une protéine, acide nucléique, bases azotées…), protéine (unités= AA, configuration/fonction), Eucaryotes (organisme avec un vrai noyau, ADN sous forme de chromosomes grâce protéines histones…).
Comment un gène code-t-il une protéine chez les organismes Eucaryotes ?
Annonce du plan.

I. Du gène à l’ARN messager.
1. Modifications de l’ADN.
• Modèle du nucléosome et solénoïde ; Décondensation de la chromatine par des protéines puis condensation ; Déméthylation, acétylation des histones.
• TRANSCRIPTION de l’ADN : complémentarité des bases, complexe enzymatique (ARN polymérase, initiation (boite TATA du promoteur, facteurs D, B, F-ARMpolymérase, E et H se fixent, complexe prêt à transcrire ; schéma)- élongation-terminaison, promoteur-gène (brin codant)- terminateur ; enhancer/silencer.

2. Modifications de l’ARN.
• Maturation : Epissage alternatif de l’ARN primaire (introns et exons, spliceosome), séquence guide, segment codant, séquence remarque, coiffe 5’ (m7G triphosphate), queue polyA. (schéma)
Transition : toutes ses étapes= dans noyau, 3 points de régulation, le 4ème= ctrl par les pores nucléaires. Début du schéma bilan : partie dans le noyau, étapes + points de régulation.

II. De l’ARNm à la protéine.
1. ARNm cytoplasmique au polypeptide.
• Stabilité grâce à PUPA.
• Durée de vie, ribonucléases.
• TRADUCTION de l’ARNm : universalité du code génétique, initiation par un codon de départ (petite su ribosomique, ARNt+met, GTP=>GDP, fixation grande su ribosomique), élongation ( 1er ARNt site P, 2nd site A (codon-anticodon), liaison peptidique, translocation, GTP=>GDP, ARNt site P->site E->libéré, site A->site P, cyclique ; schéma), terminaison (codon stop, libération 2 su ribosomique et polypeptide, dégradation ARNm). (schéma)

2. Du produit polypeptidique à la protéine fonctionnelle.
• Régulation par les protéosomes, clivage, modifications chimiques, ciblage des protéines à destination du RE (PRS, protéine réceptrice, séquence signal…schéma).
• Régulation de l’exportation.
• Utilisation et dégradation de la protéine=>AA libérés.

Schéma bilan suite : partie dans cytoplasme et RE, avec 3 grands points de régulation.

Conclusion :
Résumé : Synthèse protéine chez Eucaryotes nécessite plusieurs points de régulation pour obtenir une protéine fonctionnelle.
Ouvertures : synthèse des protéines chez Procaryotes, détournement machinerie par virus, familles multigéniques.


Voilà, je ne dis rien, je vous laisse mettre vos propositions et commenter !!

C'est parti !! geek

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par chapara le Mer 12 Nov - 20:03

c'est pas zuste pouruqoi tu mets toujours des trucs que j'ai déjà fais en prépa pour la bio hein hein?

moi je dirais juste le sujet c'est du Gène à la Protéine... pas de la transcription à la protéine... pour manque un epartie sur le gène...

donc moi je ferais un epartie sur

I le gène

découverte, ce que s'est description ADN...

IIdu gène à l'ARNM mature

ben transcription maturation...

IIIde l'arn à la protéine fonctionnelle...

transport du noyau jusq'au RE..
traduction, adressage, pliage de la protéine

c'est une idée comme ca... je l'aurais bien fais mais j'en ai 2 en attente...
snifffff à quand les journée de 35h?

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Davidus le Mer 12 Nov - 21:41

Et il y a un post un peu vide qui attend une définition du gène, c'est peut-être l'occasion de le relancer ??

Concernant le plan de Chapara :
Je pense pas qu'une partie dédiée au gène soit utile. Le "définir" en intro suffit, pour ensuite consacrer les trois parties du plan aux étapes fonctionelles, genre

1° ce qui arrive au niveau de l'adn pour construire un ARN
2° ce qui arrive à l'ARN pour donner une séquence peptidique
3° ce qui arrive à cette séquence pour devenir une prot fonctionelle

En tout cas il y a déjà concensus sur la logique d'un plan bateau : la chronologie de la machinerie cellulaire Wink
Je me risquerais personellement pas à tenter quoi que ce soit d'autre comme approche Question

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Mer 12 Nov - 21:48

moi je lis pas je propose un truc bientôt

pour le moment c'est dans ma tête pas eu le temps d'y réfléchir chaque chose en son temps

mais je précise quand même que ce serait bien de partir du dogme "un gène une protéine" cf le titre pour ensuite.... montrer que ce n'est pas forcément vrai

ceci en 3 étapes

voilou!

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par chapara le Mer 12 Nov - 21:48

ben en fait c'est ce que j'avais fais en prépa... et c'est justement ce qui m'avait conduit à une note minable pour faute de ne pas avoir traité tout le sujet...

après......

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Davidus le Mer 12 Nov - 21:56

Je suis d'accord que c'est riscouille comme approche. Certes le dogme "une gène une prot" a été mis à mal et appartient maintenant à l'histoire des concepts en Biologie, mais je pense pas que démontrer qu'il ne tient plus permette de construire un bon plan pour ce sujet.

Mais vas-y fonce et tente, puisque tout le monde propose autre chose. Ici personne ne te notrera et ça permettra d'expérimenter !!

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Mer 12 Nov - 22:04

bah je fonde pas le plan dessus

je le cite en intro et après dans chaque partie on voit que c'est faux

le titre c'est DU gène à LA protéine fonctionnelle donc voila je réfléchis comme ça

oui vous allez voir mon idée de plan ne se base pas sur le dogme il part juste du dogme

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Davidus le Mer 12 Nov - 22:07

OK, attendre et voir Wink

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Jénika le Mer 12 Nov - 22:48

Bonsoir tout le monde, moi j'aurais fait le plan suivant:

I. La transcription du gène

II. La traduction de l'ARNm

III. La maturation de la protéine

Jénika

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Davidus le Mer 12 Nov - 22:55

Yeap Cool
+1 pour le plan bateau Wink

Sauf que j'aime pas donner le nom des phénomènes dans les titres.

Pourquoi j'aime pas faire ça : parce que le nom d'un mécanisme lui est forcément attribué a posteriori. De la même manièren un novice n'est pas sencé savoir ce que désigne un terme => un titre tel que "transcription du gène" par ex. ne lui permet pas de savoir de quoi va traiter la partie, alors que le but d'un titre c'est justement de permettre avec quelques mots seulement de cerner un contenu plus large.

Après ppeut-être que les jurys attendent autre chose ????

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Mer 12 Nov - 23:18

Davidus a écrit:Sauf que j'aime pas donner le nom des phénomènes dans les titres.
On est ok, cependant, Jénika voulait peut être juste faire simple pour être comprise de tout le monde Wink ...

Oui, évidemment, ce plan colle... Chronologique. Comme dit David, le jour J, risqué de faire autre chose si on n'y a pas réfléchi avant... Je sais pas si y'a autre chose qui pourrait coller... Après, là, justement, comme je l'ai dit en présentant le sujet (je l'ai dit, non ?) vous pouvez faire un plan avec justement, des titres accrocheurs, originaux, des expériences différentes, une façon de présenter différente...

C'est ça qui est attendu ici ! (par moi ... Wink et je suis pas membre du jury, donc on s'en fout !)

Allez, lancez vous, puisque vous avez les connaissances, au lieu de dire "moi aussi j'aurai fait comme ça", faites... :applause: Hop hop hop !!!

Courage !!!

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par cocotruc le Jeu 13 Nov - 14:54

Bon, alors j'oserais pas ce qui suit le jour J, mais, Noël approchant :

I Lire et traduire (cette p... de) la notice

II Monter , au choix : le lego, la voiture, la maison....

III Coller les autocollants




oui, je sors...

Arrow

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Jénika le Jeu 13 Nov - 15:00

Il m'a semblé avoir lu dans le dernier rapport de jury qu'ils attendaient des titres plus longs et plus précis...
C'est pour cela, que j'ai donner des titres de ce style.

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Jeu 13 Nov - 15:04

cocotruc a écrit:Bon, alors j'oserais pas ce qui suit le jour J, mais, Noël approchant :

I Lire et traduire (cette p... de) la notice

II Monter , au choix : le lego, la voiture, la maison....

III Coller les autocollants




oui, je sors...

Arrow

cheers

faudrait le remplir maintenant !

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Cattina le Jeu 13 Nov - 16:07

Le pire c'est que c'est presque ça lol! !

Le "coller", ça m'a fait rire, ça me fait penser aux jouets kinder quand faut coller le truc minuscule... Mince, une fois de plus :sucette: Loool !

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Ven 14 Nov - 16:29

J’ai pensé à un truc original (je ne l’ai pas mis là car j’aimerai votre avis)
On pourrait prendre un exemple : celui des Ac
C’est très particulier et à la fois classique
Les étapes de maturation des ARN sont connues, les régulations, et tout cela
Mais l’originalité réside dans le fait que pour obtenir une protéine fonctionnelle, la séquence ADN elle-même passe par une étape de « maturation »
Le glisser quelque part ou un peu partout sans en faire tout une histoire pourrait « changer » comparer à ce
que l’on y traite d’habitude

Qu’en pensez-vous ?

Ensuite pour moi le plan bateau serait plutôt
I- du gène à l’ARN
II- de gène à la prot fonctionnelle
III- régulation
Je l’ai vu mainte fois donc je sais que ça revient souvent
Cela dit d’après ce que j’ai compris mon plan aussi est bateau car chronologique
Soit
Je n’ai pas mieux

c'est pas complet (qui a dit pour une fois???) mais bon, j'ai voulu y passer vite

Du gène à la protéine fonctionnelle
Intro : de la particule au gène

Beadle et Tatum
Dogme de Watson et Crik

Pb :comment du gène arrive-t-on à une protéine fonctionnelle ?

Injecté la régulation à tous les niveaux

les transitions sont toutes trouvées

I] du gène à l’ARN

Brin matrice

A/ initiation de la transcription

Lieu de la transcription : il a des « compartiments » spéciaux dans le noyau

1- reconnaissance du site
- chez les « procaryotes » holoenzyme migre jusqu’au promoteur qu’elle reconnaît via facteur sigma
- recrutement facteur de transcription pour eucaryotes (base de la différenciation cellulaire)
=> mise en évidence des zones de régulation de l’initiation par empreintes de DNAase I
Séquences consensus (TATA box, motif TTG, ou encore région riche en CG très en amont de la zone de transcription)
Tout est une histoire d’allostérie et de complémentarité

2- une étape de régulation
- « procaryote » : promoteur ouvert/fermé
Activateur ou répresseur
Exemple opéron lactose et opéron tryptophane
- Eucaryotes :
Facteur de transcription sont les éléments régulateur
Régulation se fait via des séquences éloignées du promoteur
À l’opposé existence de repliement amont ou aval qui amplifie transcription
Évoquer structure de la chromatine et son rôle de régulation

B/ l’élongation de l’ARN
Expliquer comment se fait l’addition de nucléotide
Prendre un exemple de séquence au hasard pour ce faire
Nommé et décrire tous les acteurs
Énergie nécessaire

Montrer que sur séquence, il y a des
emboitements de brins matrices via
différents sites de démarrages ???????????


C/ fin de la transcription

1- une fin prématurée
Parfois synthèse s’arrête au milieu de l’élongation à cause de la fixation d’un inhibiteur sur la séquence (régulation
syn-transcriptionelle)
Ex ferritine et métabolisme du fer,
Et VIH au début du cycle petits ARN puis grands ARN
Facteur rho

2- présence d’un signal de terminaison
Séquence A-rich +CG-rich auto-complémentaire => épingle à cheveu => changement de conformation du complexe de transcription et formation => déstabilisation => détachement

3- absence d’un signal de terminaison
La synthèse continue, c’est un autre système de régulation
ARN géant ne sera pas fonctionnel

Cl : un gène des ARN

II] De l’ARN à la chaine peptidique

A/ du pré-ARN à l’ARN mature

1- des ajouts « protecteurs »
Coiffe
Poly A

2- épissages

a) communs
Je pense ne parler que des ARNm (???????)
expérience d’hybridation
4 groupes d’ARN 4 types d’épissages
Sites particuliers et intervention de small-ARN, ARNpn
Exon intron
C’est un niveau de régulation aussi

b) les trans-épissages
Ex : chez le trypanosome

3- maturation différentielle

4- les retouches a) superficielles

b) profondes

Cl : un pré-ARN des ARN matures

B/ de l’ARN mature au peptide

Dans le cytoplasme
Lieux précis
Transport des ARN vers le cytoplasme = une étape à part entière chez Euk
C’est même un niveau de régulation (ex VIH)
J’hésite à en faire une partie, il y a pas mal à dire, mais est-ce vraiment dans l’esprit de cette leçon ?

1-initiation

a) une étape régulée
Possibilité d’encombrement de la zone d’initiation par protéine ou ARN antisens

b) reconnaissance du site d’amorçage
UCA/AUG=> met (variable)
ARNt ARNr ARNm
Les facteurs

2- élongation
Correspondance codon et AA
Effet wobble
Faire les traductions pour une séquence fictive

3- terminaison
Codon stop non codant UAA UAG UGA
Facteur de terminaison RF

Cl : ARN sont dégradés, selon leur type, durée de vie variable
Un ARN des chaines peptidiques
Un gène, des ARN, des chaines peptidiques

III] de la chaine peptidique à la protéine fonctionnelle

Cytoplasme golgi, RE ou mito

A/ les ajouts sur la chaine peptidiques

1- sur les AA
Groupement hydroxyle
Groupement phosphate
=> charge

2- fixation de chaîne latéral
De chaine glucidique => glycoprotéine
Montrer bien les différentes étapes de fixation, élagage etc…

3- ajout de groupement prosthétique
Par hème => hétéroprotéines

B/ de la chaine à 2D à la protéine en 3D

1- maturation protéolytique
formes PREPRO puis PRO (insulines par ex)
ou encore ogène (tryspsinogène)

2- mise en place des pont SS
cystéine=> cystine
Vésicule du golgi
Exemple insuline

3- les interactions inter-chaines
Électriques etc… qui maintiennent les différentes parties de la protéine ensembles
Exemple Hb

C/ l’obtention d’une protéine IV
Plusieurs peptides, homomère, hétéromères
Continuer sur les interactions qui n’ont pas été citées

Cl : un gène des protéines, des peptides, des ARN divers
selon régulation etc

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Ven 14 Nov - 16:36

Voici le plan de Caroline, mes commentaires en bleu

Intro :
Historique : 1865-1900, Mendel et hérédité ; 1910-1915, travaux de Morgan sur la Drosophile, théorie chromosomique de l’hérédité ; 1941 : relation 1 gène-1enzyme par Beadle et Tatum. Progrès en bio mol=>modalités synthèse protéines entre 1952 et 1970. Depuis séquençage du génome, génie génétique.
Définitions : gène (portion d’ADN codant une protéine, acide nucléique, bases azotées…), protéine (unités= AA, configuration/fonction), Eucaryotes (organisme avec un vrai noyau, ADN sous forme de chromosomes grâce protéines histones…).
Comment un gène code-t-il une protéine chez les organismes Eucaryotes ?
Annonce du plan.

I. Du gène à l’ARN messager.
1. Modifications de l’ADN.
• Modèle du nucléosome et solénoïde ; Décondensation de la chromatine par des protéines puis condensation ; Déméthylation, acétylation des histones.
• TRANSCRIPTION de l’ADN : complémentarité des bases, complexe enzymatique (ARN polymérase, initiation (boite TATA du promoteur, facteurs D, B, F-ARMpolymérase, E et H se fixent, complexe prêt à transcrire ; schéma)- élongation-terminaison, promoteur-gène (brin codant)- terminateur ; enhancer/silencer.

2. Modifications de l’ARN.
• Maturation : Epissage alternatif de l’ARN primaire (introns et exons, spliceosome), séquence guide, segment codant, séquence remarque, coiffe 5’ (m7G triphosphate), queue polyA. (schéma)
Transition : toutes ses étapes= dans noyau, 3 points de régulation, le 4ème= ctrl par les pores nucléaires. Début du schéma bilan : partie dans le noyau, étapes + points de régulation.

II. De l’ARNm à la protéine.
1. ARNm cytoplasmique au polypeptide.
• Stabilité grâce à PUPA.
• Durée de vie, ribonucléases.
• TRADUCTION de l’ARNm : universalité du code génétique, initiation par un codon de départ (petite su ribosomique, ARNt+met, GTP=>GDP, fixation grande su ribosomique), élongation ( 1er ARNt site P, 2nd site A (codon-anticodon), liaison peptidique, translocation, GTP=>GDP, ARNt site P->site E->libéré, site A->site P, cyclique ; schéma), terminaison (codon stop, libération 2 su ribosomique et polypeptide, dégradation ARNm). (schéma)

2. Du produit polypeptidique à la protéine fonctionnelle.
• Régulation par les protéosomes, clivage, modifications chimiques, ciblage des protéines à destination du RE (PRS, protéine réceptrice, séquence signal…schéma).
• Régulation de l’exportation.=> si tu parles de la protéine fonctionnelle c'est pas dans le sujet, on s'arrête à la protéine fonctionnelle
• Utilisation et dégradation de la protéine=>AA libérés.=>ce n'est pas dans le sujet

Schéma bilan suite : partie dans cytoplasme et RE, avec 3 grands points de régulation.


Conclusion :
Résumé : Synthèse protéine chez Eucaryotes nécessite plusieurs points de régulation pour obtenir une protéine fonctionnelle.
Ouvertures : synthèse des protéines chez Procaryotes, détournement machinerie par virus, familles multigéniques.

quid de la struture 3D? de la structure quaternaire? des protéines hétéromériques?
il me semble qu'il manque les dernières étapes de l'élaboration d'une protéine fonctionnelle

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Ven 14 Nov - 16:42

Celui de Bérénice

moi je dirais juste le sujet c'est du Gène à la Protéine... pas de la transcription à la protéine... pour manque une partie sur le gène...

donc moi je ferais une partie sur

I le gène

découverte, ce que s'est description ADN...

oui mais dans ce cas dans cette partie tu as juste un truc sur le gène donc ça correspond à un mot du titre seulement
je trouve que c'est meiux de le mettre en intro
et de décrire le gène de façon fonctionnelle lorsque l'on parle de la transcription

IIdu gène à l'ARNM mature

ben transcription maturation...

IIIde l'arn à la protéine fonctionnelle...

transport du noyau jusq'au RE..
traduction, adressage, pliage de la protéine

si t'as fait une partie "le gène"
alors pourquoi pas une partie "la protéine fonctionnelle"?

je trouve que pour cette leçon il faut montrer dans chaque partie que l'on parle de quelque chose qui nous amène petit à petit à une protéine fonctionnelle

voilou

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Ven 14 Nov - 16:44

au tour de david

En tout cas il y a déjà concensus sur la logique d'un plan bateau : la chronologie de la machinerie cellulaire Wink
Je me risquerais personellement pas à tenter quoi que ce soit d'autre comme approche Question

j'avais mal compris ton commentaire
ici tu es "pour" un plan bateau je pensais le contraire
(cf mon commentaire sur mon propre plan)


1° ce qui arrive au niveau de l'adn pour construire un ARN
2° ce qui arrive à l'ARN pour donner une séquence peptidique
3° ce qui arrive à cette séquence pour devenir une prot fonctionelle

ben j'ai rien à dire Wink (cf mon plan) Very Happy

c'est bizarre t'avais pas proposé autre chose toi? scratch

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

Message par Manoo le Ven 14 Nov - 16:46

idem pour Jénika je suis plutôt pour ton plan!
on est plutôt d'accord dans l'ensemble finalement

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Re: PDS n°7 -- Du gène à la protéine fonctionnelle chez les Eucaryotes

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