Re: PDS n°15

par Julie Mar 3 Nov - 11:20

Je sais pas comment m'exprimer...décrire les différences comme des divergences évolutives (évidemment pas avec une des deux lignées meilleure que l'autre). Peut-être cela n'est pas pour le coeur du sujet mais pour l'intro ou la conclusion.

par mivoyou Mar 3 Nov - 11:20

Je me lance m^me si je n'ai pas tout à fait terminé
Intro:
Progrès fantastiques de la biologie moléculaire ont permis ces dernières années le décryptage des génomes et les perspectives que celui-ci permet d’espérer.
Idem que les plans ci-dessus: Eubactéries/ Eucaryote
De quelle façon l’information génétique est interprétée en macromolécules fonctionnelles. ?
Notion de nombre de gènes exprimés dans une cellule et la régulation de ce nombre en réponse à un environnement donné.
du coup j'ai mes 3 parties:
1 transcription
2 traduction
3 regulation (le problème c'est que est ce que je suis pas hors sujet??)

Les produits initiaux de tous les gènes sont des ARN. L’ARN est produit suite à la copie de la séquence nucléotidique de l’ADN. La synthèse de l’ARN est ainsi appelée transcription.

2. LA TRANSCRIPTION
Organisation des gènes + mécanisme

21. Séquences impliquées dans la transcription
Schéma d’un gène
211 Séquence promoteur
212 Unité de transcription

22. Initiation
Prok : une seule ARN pol composée de plusieurs sous unités capable d’interagir avec ADN (pas le cas des Euk) et parcourt l’ADN, s’arrête spécifiquement sur la séquence promoteur = facteur rho augmente affinité ARN pol pour séq promoteur
Euk : 3 ARN pol + gènes transcrits
Ne peut pas interagir directement avec l’ADN en absence des TF.
Mise en place du complexe d’initiation pour l’ARN pol II : assemblage sur la TATA BOX

23. Formation d’un ARN m
Déplacement ARN pol qui synthétise brin complémentaire au brin matrice(diff du brin codant)
T remplacés par U au cours de la synthèse
Euk : vitesse régulée par séquences régulatrices : formation de boucles sur la séquence
Prok : initiation/ élongation par départ du facteur rho
Euk : phosphorylation par TFIIH du Cterm de l’ARN pol

24. Terminaison
Euk : ARN pol s’arrête au-delà du site de polyadénylation
ARN immature contient à la fois exons et introns
Prok : sites terminaux :
rho indépendants, structure tige boucle riche en GC très stable arrête la progression ARN pol qui se détache
rho dépendants tige boucle moins stable ralentit ARN pol mais ne permet pas de la décrocher
Rho se fixe sur ARN en cours de synthèse et parcourt ARNm, rho rejoint ARN pol qui a ralenti et favorise sa dissociation

25. Maturation
Euk : ARN prém en ARN m
Addition coiffe « cap » extrémité 5’
Addition poly A extrémité 3’
Excision epissage du pré ARNm en ARNm mature

3. LA TRADUCTION

31. Principes généraux
Décryptage de la molécule d’ARNm à sa transformation en chaine d’acides aminés (grâce au code génétique)

311. Localisation cellulaire de la traduction et conséquences
+ Chez ProK : localisation intérieur cellule bactérienne au contact de l’ARNm= processus simultané
+ Chez EuK : synthèse ARN se fait dans le noyau et synthèse séquence d’AA dans cytoplasme
Exportation ARN vers le cytoplasme via les pores nucléaires
Dans le cytoplasme, au niveau des ribosomes que se fait la traduction.
Ribosomes : structure et sites (A,P,E)

312. Le code génétique
Définition : c’est la relation entre les séquences des bases de l’ADN (ou de l’ARN transcrit) et la séquence des acides aminés des protéines.
Caractéristiques : univoque, universel, redondant, non chevauchant

313. Les ARNt
Structure feuille de trèfle= adaptateur
Transporte AA jusqu’à l’ARN au cours de la synthèse protéique

32. Etapes de la traduction
321. Initiation
Prok : Reconnaissance séquence Shine et Dalgarno par f.IF
Euk : au niveau de la coiffe par f.eIF

322. Elongation
323. Terminaison

4. LA REGULATION
41. PAR MODIFICATION DU MATERIEL GENETIQUE
42. TRANSCRIPTIONNELLE
43. TRADUCTIONNELLE

conclusion: pour les questions d'ouverture voilà ce que j'ai trouvé sur un corrigé de sujet agreg bioch 2005 mais attention le sujet était "Le contrôle génétique dans les cellules eucaryotes"
Conclusion :
- Quels impacts peuvent avoir la connaissance des génomes et de leur régulation sur la santé ?
- Quel avenir offre le développement de nouvelles technologies d’analyse génomique comme les puces à ADN ou autres…
- Quelles réflexions peut on avoir sur la diversité génétique (polymorphisme) à l’intérieur d’une même espèce concernant l’expression des gènes ?
- Quel peut être l’impact des modifications épigénétiques ?

Toutes ces questions n'ont peut être pas de rapport avec notre sujet mais ça donne des idées de questions que l'on peut se poser sur un m^me thème

Voilà donc j'ai choisi de traiter le sujet linéairement en comparant au fur et à mesure Euk et eubactéries (j'ai mis procaryote, j'ai aps l'habitude d'utiliser eubactéries mais c'est bien la même chose???)et donc montrer pour chaque mécanisme comment ça marche chez l'un ou chez l'autre
il est loin d'être complet et je veux bien continuer à l'étoffer si le plan correspond bien au sujet
j'ai eu beaucoup d'hésitations concernant la régulation.....

par Marie B. Mar 3 Nov - 11:54

ben procaryote est un adjectif qui peut s'appliquer à eubactéries et archéobactéries

par lablonde64 Mar 3 Nov - 12:07

Le mien est moins étoffé et j'ai hésité de la même façon que toi à parler de la régulation (que j'ai mise aussi en 3ème partie). Mais je pense que le sujet s'y prête car en parlant du fonctionnement, il me semble normal de parler aussi des modulations du fonctionnement normal.

En revanche je réalise que je suis la seule à parler du code génétique avant la transcription... Est-ce vraiment un pb d'en parler avant la traduction? Je pensais en parler en présentant le gène dans ma partie "code génétique", qui introduirait alors le reste.

J'aimerai aussi avoir des avis sur la façon de présenter les choses... Est-ce une bonne chose de présenter d'abord les Eubactéries avant de parler des Eucaryotes?
Marie a plutôt fait un plan qui présente les points communs puis les différences (du coup la notion de régulation est intégrée dans chaque partie ce que je trouve bien), tandis que "mivoyou" a choisi de présenter le déroulement général de l'expression des gènes, en ajoutant les spécificités de chaque type de cellule dans chaque partie.
J'aimerai avoir vos avis ; quelqu'un a-t-il une autre organisation à proposer?

Marlène

par Marie B. Mar 3 Nov - 12:47

Julie a écrit:Je sais pas comment m'exprimer...décrire les différences comme des divergences évolutives (évidemment pas avec une des deux lignées meilleure que l'autre). Peut-être cela n'est pas pour le coeur du sujet mais pour l'intro ou la conclusion.

le seule moyen que j'avai trouvé pour caser de l'évolution dnas mon plan était l'histoire des gènes des organites qui sont passés dnas le noyau, mais je vias essayer de voir si c'est faisable ailleurs et organiser le plan différemment
d'ailleurs j'en parle aussi sans le souligner, pour les polycistrons des eubactéries mais c apourrait etre plus appuyer peut-etre
après, tout dépend, comme d'habitude, de la problématique qu'on pose...

lablonde64 a écrit:Le mien est moins étoffé et j'ai hésité de la même façon que toi à parler de la régulation (que j'ai mise aussi en 3ème partie). Mais je pense que le sujet s'y prête car en parlant du fonctionnement, il me semble normal de parler aussi des modulations du fonctionnement normal.

En revanche je réalise que je suis la seule à parler du code génétique avant la transcription... Est-ce vraiment un pb d'en parler avant la traduction? Je pensais en parler en présentant le gène dans ma partie "code génétique", qui introduirait alors le reste.

J'aimerai aussi avoir des avis sur la façon de présenter les choses... Est-ce une bonne chose de présenter d'abord les Eubactéries avant de parler des Eucaryotes?
Marie a plutôt fait un plan qui présente les points communs puis les différences (du coup la notion de régulation est intégrée dans chaque partie ce que je trouve bien), tandis que "mivoyou" a choisi de présenter le déroulement général de l'expression des gènes, en ajoutant les spécificités de chaque type de cellule dans chaque partie.
J'aimerai avoir vos avis ; quelqu'un a-t-il une autre organisation à proposer?

Marlène

comme on l'a déjà dit souvent ici, il n'y a pas UN plan mais plusieurs, tout dépend entre autre de la problématique que tu poses au départ
ensuite, concernant je mets ca dnas telle ou tellle partie etc, ce qu'il faut se demander c'est est-ce que c'ets logique par rapport à mon plan, etre capable de justifier si le jury demande pourquoi tu as choisit de mettre tel information à tel niveau par rapport à tel autre. par exemple pourquoi avons nous tous commencer par les bactéries avant les eucaryote? on peut le justifier en disant qu'on part du plus ancien à ce qui a évolué le plus récemment par exemple, mais une fois de plus à chacun sa logique, le plus important et de pouvoir justifier son choix

par mivoyou Mar 3 Nov - 15:34

Pour ma part, j'éviterai de faire un paragraphe eubactéries et un paragraphe eucaryotes car il ya forcément des répétitions, des redites.
par contre suivre le déroulement du processus et donner des infos pour ce qui se passe chez les uns puis chez les autres me semble plus facile à entreprendre
le sujet ne demande pas forcément de comparer les 2 , donc dégager les points communs et les différences peut s'avérer dangereux car on peut oublier des choses
par contre en schéma récapitulatif c'est bien

par mivoyou Mar 3 Nov - 15:54

Pour justifier la présence de cette partie régulation j'ai retrouvé dans mes notes le texte suivant: (je n'ai aps noté la source grrrr!)
Comment la cellule contrôle t’elle la synthèse de ces protéines ?
Le contrôle du taux d’expression des différentes protéines est essentiel pour un organisme. Chez les organismes supérieurs, les cellules spécifiques se différencient au point de devenir hautement spécialisées !
Chaque cellule s’arrange pour n’exprimer que certaines de ces protéines.
Les bactéries ont-elles aussi besoin de réguler l’expression de leurs protéines. Les enzymes impliquées dans le métabolisme des sucres en offrent un exemple. Des enzymes du métabolisme sont nécessaires pour dégrader diverses sources de carbone afin de prendre de l’énergie. Mais de nombreux composés peuvent servir de source de C pour les bactéries : lactose, glucose, maltose…
Plusieurs enzymes se chargent de transporter chacun de ces composés dans la cellule et de catalyser les différentes étapes de sa dégradation. La synthèse de ces enzymes doit être strictement régulée (pour éviter la synthèse simultanée de plusieurs enzymes et gaspillage d’énergie)
Les concentrations des protéines peuvent être régulées par des mécanismes lors de la transcription ou de la traduction.

par lablonde64 Mar 3 Nov - 23:40

Pour moi les processus de régulation font parti du fonctionnement "normal" des cellules, leur permettant de s'adapter à leur environnement et ce que tu viens d'écrire ci dessus le confirme.

Pour répondre à un précédent message de Marie que je viens de voir (oups), je trouve aussi que mon plan fais trop cours de fac (ça c le manque d'entrainement Laughing

). Je sais qu'il manque cruellement d'expériences, de schémas, tableaux, etc.... je le complèterais plus tard lorsque j'aurais bien bossé cette partie car là je dois me noyer ds la géol pr réussir les partiels qui approchent à grands pas... Crying or Very sad

Désolée pr cet essai à moitié réalisé, mais je peux pas faire mieux pour l'instant... Embarassed

par Marie B. Mer 4 Nov - 9:36

Marlène, tu n'as pas à t'excuser!!! on est plus ou moins inspirés selon les sujets. en plus pas évident dans ce plan de trouver des expériences à faire...
et puis en plus on est tous là pour progresser et personne ne détient la vérité (meme pas la patronne mdr)

bon courage pour tes partiels

par lablonde64 Mer 4 Nov - 11:39

merci!

par cocotruc Jeu 5 Nov - 14:48

(je n’ai rien lu des plans postés précédemment)
(mon plan est « bateau », et vraiment pas scientifique mais pas d’autre idée…)
(bon, j’en ai marre, je poste malgré les imprécisions)

L’expression du génome chez les eucaryotes et les eubactéries

Biblio : Biologie Campbell

Les eucaryotes et les eubactéries sont 2 des 3 grands groupes du vivant, le 3^ème étant les Archées. Les eubactéries sont des procaryotes : leur cellule n’est pas compartimentée, en particulier, elle ne possède pas de noyau.
Nous définirons ici le génome comme étant la totalité de l’ADN contenu dans une cellule. Cet ADN peut donc être dans le cytoplasme, ou dans un organite (noyau, chloroplaste, mitochondries). ADN mito et chlor : similitude avec ADN eub

(schéma des 2 types de cellules : localiser l’ADN)

L’expression du génome comprend toutes les étapes entre cet ADN jusqu’à l’obtention d’une protéine fonctionnelle.

(localiser les lieux d’action des protéines sur le schéma précédent et le « chemin » entre ADN et protéines)

Quelles sont les similitudes et les différences dans les mécanismes de l’expression du génome chez les eucaryotes et les
eubactéries ? Que nous apporte cette comparaison ?

(au fur et à mesure construction d’un tableau de comparaison et localisation des événements sur le schéma)

I De l’ADN à l’ARN : transcription
1. la machinerie
L’enzyme clé : ARN polymérase
1 seule chez eub
3 chez euc : I, II et III, seule la II transcrit des ARN qui seront traduit en prot

Facteur de transcription (Protéines) : indispensable chez les euc, abs chez proc

2. Mécanisme
euc : Liaison des facteurs de transcription à séquence ADN, ou ARN pol II, ou autres facteurs transcription
action : initiation ou non de la transcription ET régulation de l’expression(les activateur se lient aux amplificateurs et
vice versa)
permet l’expression génique différentielle

Liaison ARN pol au promoteur
Déroulement des brins ADN
Ouverture ADN
Synthèse transcrit ARN (sens 5’->3’)
Terminaison : Libération du transcrit :
Chez proc : terminateur (séquence marquant la fin de transcription)
Chez euc : transcription d’une séquence de polyadénylation
Puis des enzymes séparent le transcrit ARN de l’ARN pol, qui continue de transcrire avant de se détacher (mécanisme inconnu)

3. Cas des gènes à régulation coordonnée
Eub : schéma et explication du fonctionnement de l’opéron lactose
Euc :
Si gène groupés sur une même portion de Ksome : Modification ds la structure de la chromatine : le groupe de gène est prêt ds son ens
pour la transcription
Sinon : association de facteur de transcription spécifique avec chacun des éléments de contrôle des gènes d’un groupe disséminé, souvent en réaction à stimulus moléculaires externe (hormone…)

4. Les produits de la transcription
Eub : l’ARN est prêt à être traduit et sera d’ailleurs rapidement détruit après
Euc : maturation nécessaire
(schéma avec coiffe, queue poly A, épissage)
rq : tout cela nécessite des enzymes spéciales, n’existant donc pas chez Eub
rq : épissage différentiel possible : un séquence ADN pourra donner plusieurs ARNm différents

II De l’ARN au polypeptide : traduction
chez eub : transcription et traduction dans cytoplame : simultané
chez euc : traduction ds cyto (au moins le début) : sortie de ARNm, séparation des 2 mécanismes

1. le code génétique
Passage d’une séquence de 4 bases azotée à une séquence de 20AA : code à triplet
Universalité du code (tableau du code) : le même pour tous
Exception : qq variations chez des Euc unicel (paramécie), chez mito et chloro, chez certain proc (traduction des codons
d’arrêt en 1 des 2 AA absents chez la plupart des organismes)

2. la machinerie

L’ARN de transfert (schéma)

Les ribosomes (schéma) : ARNr et protéines : différents chez euc et Eub/chloro/mito

3. le fonctionnement
initiation chez euc : activation/inactivation 1 ou plusieurs facteur protéique nécessaires à l’initiation de le traduction : autre étape de régulation de l’expression génique
élongation terminaison : similaire chez les 2
Polyribosome : plusieurs ribosome sur 1 ARNm : plus long chez eub

4. Ciblage
chez Euc, ribosomes libres ds cyto ou lié à RER ou env nucléaire
début de séquence AA particulière (séquence signal) : le ribosome se fixe, poursuite de la synthèe prot dans la lumière du RE (au final, prot liée ou non à la mb, selon sa destination)

III Du polypeptide à la protéine active : modification et transport
1. Modification
que chez euc (j’ai un doute)
repliement (prot chaperonine si besoin)
modifications chimiques : ajout de glucides, lipides, grpt phosphate…
découpage des polypeptides (ex : insuline)
association de polypeptide : ssU (ex hémoglobine)

2. Ciblage post traductionnel
Des séquences signal orientent les polypeptides vers mito, chloro, int du noyau, autres organites
Eub : également séquence signal pour les protéines destinées à devenir des protéines de sécrétion

La comparaison du mode d’expression du génome chez Euc et Eub à montrer de nombreuses similitudes : code génétique, grandes étapes (transcription, traduction, ciblage), ainsi que des ressemblances dans les structures moléculaires responsables de ces étapes (ARN pol, ribosomes en partie, ARNt). Ces ressemblances font partie des points qui soutiennent 2 faits importants :
- Il a existé un ancêtre commun aux 2 groupes
- Les mito et les chloro ont une origine endosymbiotique

Chez les euc, l’épissage différentiel, les différents systèmes de régulation (facteur de transcription, facteur de traduction), les modifications post traductionnelle permettent une expression génique différentielle, indispensable pour les multicellulaires.

La compréhension des différences de mécanismes ont permis l’utilisation d’antibiotique qui agissent sur les ribosomes des Eub mais pas ceux des Euc

Ouverture : expression du génome chez les virus

par cocotruc Jeu 5 Nov - 15:15

Marie B. a écrit:
Par ailleurs, des gènes mitochondriaux et chloroplastiques (exemple ???), d'origine bactérienne, ont été intégrés au cours de l'évolution au génome nucléaire de cellules eucaryotes et sont donc exprimés par la machinerie eucaryote, il doit donc aussi exister des similitudes entre les processus. Bien!

terminaison à 1 signal "stop" que chez eub, donc pas similitude

polycistrons C'est quoi?

expérience hybridation ADN et ARNm mature de l'ovalbumine cf figure 15.18 du Raven Bien!

1er Aa = Met : aussi chez eub (met modifié, mais met qd même)

ouverture : utilisation de bactéries pour produire proteines eucaryotes Impec!

il y a plus d'"illustrations" scientifiques que moi, j'aime bien ce côté-là de ton travail

Les deux autres ne sont pas suffisamment étoffés pour commenter le contenu. (bon, j'ai pas lu en détail non plus..)
Celui de mivoyou me semble peut-être long.
Sur les plans en eux même, comme mivoyou, je préfère ne pas séparer euc et proc.

par Marie B. Jeu 5 Nov - 16:31

cocotruc a écrit:
Marie B. a écrit:
Par ailleurs, des gènes mitochondriaux et chloroplastiques (exemple ???), d'origine bactérienne, ont été intégrés au cours de l'évolution au génome nucléaire de cellules eucaryotes et sont donc exprimés par la machinerie eucaryote, il doit donc aussi exister des similitudes entre les processus. Bien! merci

terminaison à 1 signal "stop" que chez eub, donc pas similitude ok j'étais pas sûre

polycistrons C'est quoi? c'est l'ARN issu de la transcription d'un opéron, qui regroupe les séquences de plusierus protéines traduites ensembles et ensuite "découpées"

expérience hybridation ADN et ARNm mature de l'ovalbumine cf figure 15.18 du Raven Bien!

1er Aa = Met : aussi chez eub (met modifié, mais met qd même) ben je l'ai mis que chez les eub c'était 1 n-formylmethionine sinon je le mets pas dnas le développement comme ca mais je le mets quand emme dnas mon tableau récapitulatif...

ouverture : utilisation de bactéries pour produire proteines eucaryotes Impec!

il y a plus d'"illustrations" scientifiques que moi, j'aime bien ce côté-là de ton travail

Les deux autres ne sont pas suffisamment étoffés pour commenter le contenu. (bon, j'ai pas lu en détail non plus..)
Celui de mivoyou me semble peut-être long.
Sur les plans en eux même, comme mivoyou, je préfère ne pas séparer euc et proc. oui, j'en ai parlé avec Cattina aussi et en effet je pensais plus partir sur 1 plan comme le votre finalement bon maintenant je vias lire ton plan merci pour ta critique

par Marie B. Jeu 5 Nov - 16:50

cocotruc a écrit:(je n’ai rien lu des plans postés précédemment)
(mon plan est « bateau », et vraiment pas scientifique mais pas d’autre idée…)
(bon, j’en ai marre, je poste malgré les imprécisions)

L’expression du génome chez les eucaryotes et les eubactéries

Biblio : Biologie Campbell

Les eucaryotes et les eubactéries sont 2 des 3 grands groupes du vivant, le 3^ème étant les Archées. Les eubactéries sont des procaryotes : leur cellule n’est pas compartimentée, en particulier, elle ne possède pas de noyau.
Nous définirons ici le génome comme étant la totalité de l’ADN contenu dans une cellule. Cet ADN peut donc être dans le cytoplasme, ou dans un organite (noyau, chloroplaste, mitochondries). ADN mito et chlor : similitude avec ADN eub

(schéma des 2 types de cellules : localiser l’ADN)

L’expression du génome comprend toutes les étapes entre cet ADN jusqu’à l’obtention d’une protéine fonctionnelle. ben justement, et j'ai voulu le montrer dans mon plan meme si ce n'ets que cité car pas le temps de le développer mais attention à dire quand meme que l'ARN peut-etre fonctionnel (certains ARN ne sont pas traduits) donc pour moi ca fait quand meme partie de l'expression du génome...

(localiser les lieux d’action ??? lieu de production peut-etre non? des protéines sur le schéma précédent et le « chemin » entre ADN et protéines)

Quelles sont les similitudes et les différences dans les mécanismes de l’expression du génome chez les eucaryotes et les
eubactéries ? Que nous apporte cette comparaison ?

(au fur et à mesure construction d’un tableau de comparaison et localisation des événements sur le schéma)

I De l’ADN à l’ARN : transcription
3. Cas des gènes à régulation coordonnée pas mal de regrouper ca ici
Eub : schéma et explication du fonctionnement de l’opéron lactose peut-etre en profiter pour glisser l'interet pour l'organisme d'1 telle régulation = adaptabilité
Euc :
Si gène groupés sur une même portion de Ksome : Modification ds la structure de la chromatine : le groupe de gène est prêt ds son ens
pour la transcription
Sinon : association de facteur de transcription spécifique avec chacun des éléments de contrôle des gènes d’un groupe disséminé, souvent en réaction à stimulus moléculaires externe (hormone…)

II De l’ARN au polypeptide : traduction

3. le fonctionnement
initiation chez euc : activation/inactivation 1 ou plusieurs facteur protéique nécessaires à l’initiation de le traduction : autre étape de régulation de l’expression génique ici tu peux préciser que chez eub c'ets le 1er AUG rencontré qui initie la traduction
élongation terminaison : similaire chez les 2
Polyribosome : plusieurs ribosome sur 1 ARNm : plus long chez eub

4. Ciblage
chez Euc, ribosomes libres ds cyto ou lié à RER ou env nucléaire
début de séquence AA particulière (séquence signal) : le ribosome se fixe, poursuite de la synthèe prot dans la lumière du RE (au final, prot liée ou non à la mb, selon sa destination) j'aurais pas pensé à mettre ca!! à mon avis il faut le citer mais je suis pas certaine qu'il faille en faire 1 partie à part entière...

III Du polypeptide à la protéine active : modification et transport finalement toute cette partie manque dnas mon plan....
1. Modification
que chez euc (j’ai un doute) ben j'ai eu le meme que toi... est-ce qu'il y a pas des chaperonnes aussi chez les eub...??? les proteines heat-shock et tout je crois que s'en sont...
repliement (prot chaperonine si besoin)
modifications chimiques : ajout de glucides, lipides, grpt phosphate…
découpage des polypeptides (ex : insuline)
association de polypeptide : ssU (ex hémoglobine)

2. Ciblage post traductionnel
Des séquences signal orientent les polypeptides vers mito, chloro, int du noyau, autres organites
Eub : également séquence signal pour les protéines destinées à devenir des protéines de sécrétion

La comparaison du mode d’expression du génome chez Euc et Eub à montrer de nombreuses similitudes : code génétique, grandes étapes (transcription, traduction, ciblage), ainsi que des ressemblances dans les structures moléculaires responsables de ces étapes (ARN pol, ribosomes en partie, ARNt). Ces ressemblances font partie des points qui soutiennent 2 faits importants :
- Il a existé un ancêtre commun aux 2 groupes YES
- Les mito et les chloro ont une origine endosymbiotique

Chez les euc, l’épissage différentiel, les différents systèmes de régulation (facteur de transcription, facteur de traduction), les modifications post traductionnelle permettent une expression génique différentielle, indispensable pour les multicellulaires. oui et limite tu peux dire que pour les bactéries le tout ou rien est mieux adapté d'où une régulation en opérons

La compréhension des différences de mécanismes ont permis l’utilisation d’antibiotique qui agissent sur les ribosomes des Eub mais pas ceux des Euc bien vu

Ouverture : expression du génome chez les virus ca me gene un peu dnas le sens où les virus ne sont pas autonomes pour leur expression génomique justement...

par Cattina Jeu 5 Nov - 17:28

Désolée, je suis à la bourre, j'y pense et j'y reviens bientôt.

Ceci dit, rapidement, il me semble qu'en séparant EuK et ProK, c'est plus "descriptif" et que ça répond moins à la problématique qui est de comparer que si on traite les deux ensemble comme l'a fait Corinne.

par Manoo Jeu 5 Nov - 17:39

je peux éventuellement passer la dessus ce WE si vous voulez que j'y apporte ma petite touche...
moi aussi débordée en ce moment

par cocotruc Jeu 5 Nov - 18:42

Marie B. a écrit:

L’expression du génome comprend toutes les étapes entre cet ADN jusqu’à l’obtention d’une protéine fonctionnelle. ben justement, et j'ai voulu le montrer dans mon plan meme si ce n'ets que cité car pas le temps de le développer mais attention à dire quand meme que l'ARN peut-etre fonctionnel (certains ARN ne sont pas traduits) donc pour moi ca fait quand meme partie de l'expression du génome...
Oui, pb de la définition d'"expression", à réfléchir

(localiser les lieux d’action ??? lieu de production peut-etre non? non, c'est bien action, justement pour montrer le besoin de sécrétion par ex des protéines sur le schéma précédent et le « chemin » entre ADN et protéines)

I De l’ADN à l’ARN : transcription
3. Cas des gènes à régulation coordonnée pas mal de regrouper ca ici
Eub : schéma et explication du fonctionnement de l’opéron lactose peut-etre en profiter pour glisser l'interet pour l'organisme d'1 telle régulation = adaptabilité Tout à fait

II De l’ARN au polypeptide : traduction

4. Ciblage
chez Euc, ribosomes libres ds cyto ou lié à RER ou env nucléaire
début de séquence AA particulière (séquence signal) : le ribosome se fixe, poursuite de la synthèe prot dans la lumière du RE (au final, prot liée ou non à la mb, selon sa destination) j'aurais pas pensé à mettre ca!! à mon avis il faut le citer mais je suis pas certaine qu'il faille en faire 1 partie à part entière...C'est dans ma logique dema définition d"expression" du génome

III Du polypeptide à la protéine active : modification et transport finalement toute cette partie manque dnas mon plan....
1. Modification
que chez euc (j’ai un doute) ben j'ai eu le meme que toi... est-ce qu'il y a pas des chaperonnes aussi chez les eub...??? les proteines heat-shock et tout je crois que s'en sont...Peut-être bien, et pis, il y a peut-être aussi des protéines avec plusieurs ssU aussi. Je suis à peu près sure qu'il n'y a pas de modification chimiques chez le eub (d'où le fait de ne pas pouvoir faire synthétiser n'importe quelle protéine euc par des eub), mais je ne sais pas pour le reste...des avis???
repliement (prot chaperonine si besoin)
modifications chimiques : ajout de glucides, lipides, grpt phosphate…
découpage des polypeptides (ex : insuline)
association de polypeptide : ssU (ex hémoglobine)

Ouverture : expression du génome chez les virus ca me gene un peu dnas le sens où les virus ne sont pas autonomes pour leur expression génomique justement...Justement, grosse différence

par Marie B. Ven 6 Nov - 16:24

essai N°2...

Intro
tous les organismes vivants, notamment les Eucaryotes et les Eubactéries, sont le résultat de l'expression d'un "mode d'emploi" transmis entre générations appelé génome. Il est constitué de l'ensemble des molécules d'ADN de la cellule. Une portion de ce génome est transcrite en ARN, traduits par la suite en protéines (schéma rapide ADN->ADN->protéine) qui permettront le fonctionnement et l'édification de la cellule. Cependant, l'absence de noyau entourant le génome laisse présager l'existence de différences au niveau de la réalisation de cette expression entre les 2 types d'organismes. Par ailleurs, des gènes mitochondriaux et chloroplastiques, organites considérés comme étant dérivés d'une endosymbiose bactérienne dans une cellule eucaryote, ont été intégrés au cours de l'évolution au génome nucléaire. Ces portions de génomes d'origine bactérienne sont donc exprimés par la machinerie eucaryote, il doit donc exister d'importantes similitudes entre les processus bactériens et eucaryotes. Ainsi, on peut se demander :

PB : Quels sont les points communs et les spécificités de l'expression du génome entre les Eucaryotes et les Eubactéries?

tout au long de la lecon on complete un tableau comparatif

I) de la molécule héréditaire ADN à la molécule informative ARN
1) molécules impliquées
Génome : dans les 2 types d'organismes, il s'agit d'ADN double brin. le circulaire chez Eub, linéaire chez Euc (+ circulaire pour ADN des organites). chez les Eub la quasi totalité de l'ADN est transcrite, alors que chez les EuK, seule une partie est transcrite (montrer des chiffres selon organismes, si possible photo d'1 puce ADN hybridée avec transcriptome d'1 cellule => certains genes ne sont pas exprimés...)
transcription grâce à 1 enzyme spécifique : l'ARN-polymérase (photo MET ARN-pol sur brin ARN RAven fig 15.7)
existe 1 chez Eub, 3 chez Euk : I=> transcrit ARNt; II=> ARNm qui sont traduits en protéines; III=> ARNr

t : comment se déroule la transcription

2) mécanisme(s) de la transcription
initiation : commence au niveau d'un promoteur.
2 séquences principales chez Eub : -35 et -10. sous-unité sigma de l'ARNpol reconnait séquence -10 => fixation
chez EuK : promoteur spécifique à chaque espèce pour polI, promoteur à l'intérieur du gène pour polIII, pour polII : boite TATA (ressemblance avec séquence -10 => origine commune?) + boite CAAT + autres promoteurs variés. le complexe d'initiation de la transcription euk est un complexe multiprotéique constitué de l'ARN-polII + les facteurs généraux de transcription
transcription commence généralement par A ou G
élongation fait intervenir enzymes pour dérouler l'ADN, l'ARN pol synthétise dnas le sens 5'->3'
l'ARNpol recopie le brin sens de l'ADN en remplacant les T par des U, pas de correction possible (=> source d'erreur mais non transmise à la génération suivante )=> l'ARN est complémentaire du brin non sens
chez les EUK, en cours de transcription, l'ARN est modifié : adjonction d'une coiffe côté 5' = GTP avec 1 groupement PO4 en 5' et 1 Me sur le G
chez Eub, transcription se termine au niveau d'un signal stop = série de paires de G-C suivie par une série d'au moins 4 U => forme 1 épingle à cheveu qui permet de séparer l'ARNpol de l'ADN
chez EuK : transcription se termine par une séquence de polyadénylation => adjonction d'une queue polyA côté 3' de l'ARN (schéma transcritpion avec l'ARNm d'1 EuK, en parallèle d'1 ARN eub)
expérience hybridation ADN et ARNm mature de l'ovalbumine fig 15.18 Raven => boucles => une partie du gène n'est pas représentée dans l'ARNm pourtant la synthèse est continue => gènes euk sont consitués de parties exprimées exons et de parties qui sont éliminés du trancrit avant la traduction Introns on a donc épissage des introns. cet épissage peut aussi etre alternatif

t : tous les gènes ne sont pas exprimés au même moment => existence de processus de régulation

3) régulation au niveau transcriptionnel
la transcription est une phénomène régulé
Chez les Eub : les protéines nécessaires au bon fonctionnement de la cellule dépendant du mileu environnant. Ainsi, l'adaptation aux variations de mileu se fait par la synthèse groupée des protéines impliquées dnas 1 meme voie métabolique. Les gènes sont organisés sous formes d'opérons (schéma opéron lactose). l'activation de la transcription de l'opéron est régulée par le milieu et permet la transcription d'1 ARN polycistronqie (cad codant plusieurs proteines)
chez les EuK, surtout chez les pluricellulaires, il peut y avoir spécialisation cellulaire, et généralement recherche du maintien de l'homéostasie. ainsi certains gènes sont réprimés et d'autres activés. la régulation peut se faire soit par accessibilité de l'ADN au complexe trancriptionnel : structure de la chromatine, soit par l'utilisation de facteur d'activation ou de répressions communs aux gènes impliqués dnas des memes voies métaboliques, les facteurs de transcription

t : meme si certains ARN jouent leur rôle en tant que tels, la majorité des ARN servent de code pour l'élaboration de protéines

II) décodage de la molécule informative ARN en protéine
1) passage d'un code nucléotidique à un code acide aminé
la traduction est réalisée à partir des ARN grâce à une molécule adaptatrice, qui fait correspondre, selon un code défini, un triplet de codons de nucléotides à un acide aminé : l'ARNt montrer schéma avec structure ARNt (en L et en trèfle)
expliquer mécanisme de chargement de l'acide aminé sur l'ARNt
ce chargement ne se fait pas au hasard, il est régit par le code génétique (montrer le code génétique et le laisser tout au long de la partie traduction), qui est à qq exceptions près universel montrer code
expliquer étude de Crick pour montrer que le code est un triplet etc

t : quel mécanisme permet ensuite l'assemblage de l'ARNm avec l'ARNt et la construction de la chaine polypeptidique

2) mécanisme(s) de la traduction
Pour la traduction, l'ARN est pris en charge par un ribosome montrer structure ribosome et expliquer succintement sa composition
chez les Eub, cette prise en charge se fait en cours de transcription ce qui est rendu possible par l'absence de compartimentation.
cette prise en charge se fait au niveau du 1er AUG rencontré. le 1er acide aminé est donc une méthionine (montrer sur code); cependant, cette méthionine est modifiée, il s'agit en fait d'une N-formylMet
chez les Euk, cette prise en charge se fait dans le cytoplasme, une fois que les ARNm ont subit toutes les transformations post-transcriptionnelles décrites précédemment. là encore, le 1er Aa est une Met
expliquer (avec schéma) le mécanisme de trnaslocation du ribosome et de l'élongation de la chaine polypeptidique
la traduction se termine dès que les ribosomes rencontrent 1 codon stop (montrer sur code)

3) régulation au niveau traductionnel
chez les Eub, il n'est pas possible d'effectuer une régulation au niveau traductionnel du fait de l'unité de lieu et de temps de la transcription et de la traduction
chez les Euc, la régulation peut se faire par une déstabilisation des ARNm

t: cependant, les protéines ainsi produites ne sont pas immédiatement fonctionnelles

III) de la protéine traduite à la protéine fonctionnelle
1) acquisition de la bonne structure
acquisition de la structure secondaire, formation de ponts disulfure
acquisition de la structure tertiaire grace aux protéines chaperonnes (ex hsp 60 ou 70 chez Eub) et des strutures IV
clivage des fragments non actifs cas de l'insuline schéma
adjonction de résidus non protéiques : glycoprotéines et protéines lipidiques

2) adressage à l'endroit d'action
adressage nucléaire
adressage vers les autres organites
cas des protéines sécrétées
cas des protéines ancrées dnas la membrane plasmique

Conclusion
l'expression du génomes utilise des processus très similaires (montrer nombreux poins communs sur le tableau + schéma récap du déroulement type fig 15.21 raven) qui sont la transcription et la traduction puis la maturation des protéines, même si quelques étapes supplémentaires dont la maturation des ARN est nécessaire chez les Euk. ceci peut donc laisser penser/ confirmer à une origine commune de ces organismes (merci Corinne PDS n°15 - Page 2 Icon_wink

) et permet d'expliquer comment des gènes mitochondriaux ou chloroplastiques dont le génome est proche de celui des Eub ont pu migrer vers le noyau et etre exprimés grace à la machinerie euc

ouverture : utilisation de bactéries pour produire protéines euc par le génie génétique

par mivoyou Sam 7 Nov - 16:50

désolée, pas trop le temps de revenir dessus suis inspectée le 24 nov, donc un petit coup de stress mais je reviens après promis, mes élèves sont en stage début décembre et ça me laissera plus de temps pour réfléchir!
bon courage à tous!!!

par cocotruc Dim 8 Nov - 18:56

même si je n'ai pas prévu de retravailler ce plan, je suis preneuse pour quelques commentaires! donc je "up"!

(mais pas d'urgence..)

par Manoo Lun 9 Nov - 16:46

c'est parti
je commence par Marlène

Intro
Situer les Eucaryotes et les Eubactéries dans le monde du vivant.
Rappeler les différences de structure des cellules, notamment la présence d’un noyau chez les EuK (et donc la compartimentation de la cellule).
Où ? Des différences dues à la présence ou non du noyau : cytoplasme chez les Eubactéries, noyau puis cytoplasme chez les EuK.
Quand ? en réponse aux besoins de la cellule
Comment ? par des processus quasiment identiques chez les Eubactéries et les EuK, avec quelques spécificités cependant chez les EuK. je ne sais pas si c'est approprié de le mettre en intro c'est presque la réponse en résumé c'est le problème??

I.Les mécanismes fondamentaux chez les Eubactéries bon ça a été dit je crois.. pas forcément bien de séparer
A.De l’ADN à l’ARN
1.Le code génétique
2.La transcription
B.De l’ARN aux protéines
1.Les ribosomes
2.La traduction il faudrait plutôt faire une comparaison parce que du coup tu parle de tout mais tu ne réponds pas forcément au titre

II. Les mécanismes spécifiques aux Eucaryotes important mais pas comme ça
A.La maturation de l’ARNm
B.Les modifications post-traductionnelles et l’adressage des protéines

III.Les contrôles de l’information génétique
A.Exemple de l’opéron lactose chez les Eubactéries évite les titres qui commence par exemple !
ça montre que tu ne savais pas trop quoi mettre comme titre et ça se suit presque toujours de redites
B.Différents contrôles chez les Eucaryotes
1.Les facteurs de transcription
2.L’hétérochromatisation et l’euchromatisation trs bein mais comme déja dit faut réorganisé je pense

Conclusion
Chez les Eubactéries et les Eucaryotes, les gènes s’expriment selon des mécanismes similaires, avec cependant quelques étapes supplémentaires chez les Eucaryotes, liées à la compartimentation de leurs cellules. euh as-tui pensé à la pluricellularité? la différenciation??? etc (nb de chromosomes)
En ouverture, il serait intéressant (ou pas?) de parler du devenir des protéines dans les deux types de cellules, notamment de l'adressage dans les cellules eucaryotes...
(à chaud c'est tout ce qui me vient...)

il y a ce qu'il faut mais le problème est mal posé au départ ce qui fait que tu ne réponds pas au sujet
à revoir donc en pensant au problème

je ferai un commentaire général en fin pour l'ensemble des plans
selon ce qui aura été abordé

par Manoo Lun 9 Nov - 16:56

maintenant à Marie Mivoyou

Intro:
Progrès fantastiques de la biologie moléculaire ont permis ces dernières années le décryptage des génomes et les perspectives que celui-ci permet d’espérer.
Idem que les plans ci-dessus: Eubactéries/ Eucaryote
De quelle façon l’information génétique est interprétée en macromolécules fonctionnelles. ?
Notion de nombre de gènes exprimés dans une cellule et la régulation de ce nombre en réponse à un environnement donné.
du coup j'ai mes 3 parties:
1 transcription
2 traduction
3 regulation (le problème c'est que est ce que je suis pas hors sujet??) j'hésite selon la quantité de chose à dire
peut-être pas en faire une partie
mais c'est de l'expression en fait

Les produits initiaux de tous les gènes sont des ARN. L’ARN est produit suite à la copie de la séquence nucléotidique de l’ADN. La synthèse de l’ARN est ainsi appelée transcription.

2. LA TRANSCRIPTION
Organisation des gènes + mécanisme

21. Séquences impliquées dans la transcription
Schéma d’un gène
211 Séquence promoteur
212 Unité de transcription tes titres sont très structuraux... mais je sens que c'est fonctionnel à l'interieur
faut rendre le plan dynamique

22. Initiation
Prok : une seule ARN pol composée de plusieurs sous unités capable d’interagir avec ADN (pas le cas des Euk) et parcourt l’ADN, s’arrête spécifiquement sur la séquence promoteur = facteur rho augmente affinité ARN pol pour séq promoteur
Euk : 3 ARN pol + gènes transcrits
Ne peut pas interagir directement avec l’ADN en absence des TF.
Mise en place du complexe d’initiation pour l’ARN pol II : assemblage sur la TATA BOX

23. Formation d’un ARN m
Déplacement ARN pol qui synthétise brin complémentaire au brin matrice(diff du brin codant)
T remplacés par U au cours de la synthèse
Euk : vitesse régulée par séquences régulatrices : formation de boucles sur la séquence
Prok : initiation/ élongation par départ du facteur rho
Euk : phosphorylation par TFIIH du Cterm de l’ARN pol

24. Terminaison
Euk : ARN pol s’arrête au-delà du site de polyadénylation
ARN immature contient à la fois exons et introns
Prok : sites terminaux :
rho indépendants, structure tige boucle riche en GC très stable arrête la progression ARN pol qui se détache
rho dépendants tige boucle moins stable ralentit ARN pol mais ne permet pas de la décrocher
Rho se fixe sur ARN en cours de synthèse et parcourt ARNm, rho rejoint ARN pol qui a ralenti et favorise sa dissociation

25. Maturation
Euk : ARN prém en ARN m
Addition coiffe « cap » extrémité 5’
Addition poly A extrémité 3’
Excision epissage du pré ARNm en ARNm mature

3. LA TRADUCTION

31. Principes généraux
Décryptage de la molécule d’ARNm à sa transformation en chaine d’acides aminés (grâce au code génétique)

311. Localisation cellulaire de la traduction et conséquences
+ Chez ProK : localisation intérieur cellule bactérienne au contact de l’ARNm= processus simultané
+ Chez EuK : synthèse ARN se fait dans le noyau et synthèse séquence d’AA dans cytoplasme
Exportation ARN vers le cytoplasme via les pores nucléaires
Dans le cytoplasme, au niveau des ribosomes que se fait la traduction.
Ribosomes : structure et sites (A,P,E)

312. Le code génétique
Définition : c’est la relation entre les séquences des bases de l’ADN (ou de l’ARN transcrit) et la séquence des acides aminés des protéines.
Caractéristiques : univoque, universel, redondant, non chevauchant

313. Les ARNt
Structure feuille de trèfle= adaptateur
Transporte AA jusqu’à l’ARN au cours de la synthèse protéique

32. Etapes de la traduction
321. Initiation
Prok : Reconnaissance séquence Shine et Dalgarno par f.IF
Euk : au niveau de la coiffe par f.eIF

322. Elongation
323. Terminaison

4. LA REGULATION
41. PAR MODIFICATION DU MATERIEL GENETIQUE
42. TRANSCRIPTIONNELLE
43. TRADUCTIONNELLE en fait il manque (surtouty pour cette partie mais tout au long)
un truc qui fasse que l'on voit que c'est uen sorte de comparaison entre euk et euB

conclusion: pour les questions d'ouverture voilà ce que j'ai trouvé sur un corrigé de sujet agreg bioch 2005 mais attention le sujet était "Le contrôle génétique dans les cellules eucaryotes"
Conclusion :
- Quels impacts peuvent avoir la connaissance des génomes et de leur régulation sur la santé ?
- Quel avenir offre le développement de nouvelles technologies d’analyse génomique comme les puces à ADN ou autres…
- Quelles réflexions peut on avoir sur la diversité génétique (polymorphisme) à l’intérieur d’une même espèce concernant l’expression des gènes ?
- Quel peut être l’impact des modifications épigénétiques ?

Toutes ces questions n'ont peut être pas de rapport avec notre sujet mais ça donne des idées de questions que l'on peut se poser sur un m^me thème

Voilà donc j'ai choisi de traiter le sujet linéairement en comparant au fur et à mesure Euk et eubactéries ça peut être à conserver mais à condition de réorganiser un peu l'intérieur et insiter plus le la comparaison entre les 2
sur le sdifférences etc
et rendre les titres plus fonctionnels

par Manoo Lun 9 Nov - 17:07

A Corinne

L’expression du génome chez les eucaryotes et les eubactéries

Biblio : Biologie Campbell + Callen et KARP (juste pour indication je sais bien que vous n'y avez pastous accès) et un autre je vais chercher les réf. je ne me rappelle plus le nom de l'auteur

Les eucaryotes et les eubactéries sont 2 des 3 grands groupes du vivant, le 3^ème étant les Archées. Les eubactéries sont des procaryotes : leur cellule n’est pas compartimentée, en particulier, elle ne possède pas de noyau.
Nous définirons ici le génome comme étant la totalité de l’ADN contenu dans une cellule. Cet ADN peut donc être dans le cytoplasme, ou dans un organite (noyau, chloroplaste, mitochondries). ADN mito et chlor : similitude avec ADN eub

(schéma des 2 types de cellules : localiser l’ADN)

L’expression du génome comprend toutes les étapes entre cet ADN jusqu’à l’obtention d’une protéine fonctionnelle.

(localiser les lieux d’action des protéines sur le schéma précédent et le « chemin » entre ADN et protéines)

Quelles sont les similitudes et les différences dans les mécanismes de l’expression du génome chez les eucaryotes et les
eubactéries ? Que nous apporte cette comparaison ?

(au fur et à mesure construction d’un tableau de comparaison et localisation des événements sur le schéma) ça c'est bien !! c'est ce qui manquait précédemment

I De l’ADN à l’ARN : transcription
1. la machinerie
L’enzyme clé : ARN polymérase
1 seule chez eub
3 chez euc : I, II et III, seule la II transcrit des ARN qui seront traduit en prot

Facteur de transcription (Protéines) : indispensable chez les euc, abs chez procbien vue!

2. Mécanisme
euc : Liaison des facteurs de transcription à séquence ADN, ou ARN pol II, ou autres facteurs transcription
action : initiation ou non de la transcription ET régulation de l’expression(les activateur se lient aux amplificateurs et
vice versa)
permet l’expression génique différentielle

Liaison ARN pol au promoteur
Déroulement des brins ADN
Ouverture ADN
Synthèse transcrit ARN (sens 5’->3’)
Terminaison : Libération du transcrit :
Chez proc : terminateur (séquence marquant la fin de transcription)
Chez euc : transcription d’une séquence de polyadénylation
Puis des enzymes séparent le transcrit ARN de l’ARN pol, qui continue de transcrire avant de se détacher (mécanisme inconnu)

3. Cas des gènes à régulation coordonnée
Eub : schéma et explication du fonctionnement de l’opéron lactose
Euc :
Si gène groupés sur une même portion de Ksome : Modification ds la structure de la chromatine : le groupe de gène est prêt ds son ens
pour la transcription
Sinon : association de facteur de transcription spécifique avec chacun des éléments de contrôle des gènes d’un groupe disséminé, souvent en réaction à stimulus moléculaires externe (hormone…)

4. Les produits de la transcription
Eub : l’ARN est prêt à être traduit et sera d’ailleurs rapidement détruit après
Euc : maturation nécessaire
(schéma avec coiffe, queue poly A, épissage)
rq : tout cela nécessite des enzymes spéciales, n’existant donc pas chez Eub
rq : épissage différentiel possible : un séquence ADN pourra donner plusieurs ARNm différents

II De l’ARN au polypeptide : traduction
chez eub : transcription et traduction dans cytoplame : simultané
chez euc : traduction ds cyto (au moins le début) : sortie de ARNm, séparation des 2 mécanismes

1. le code génétique
Passage d’une séquence de 4 bases azotées à une séquence de 20AA : code à triplet
Universalité du code (tableau du code) TRES BIEN : le même pour tous
Exception : qq variations chez des Euc unicel (paramécie), chez mito et chloro, chez certain proc (traduction des codonsAHH BEN VOILA!! ça c'est important à signaler le génome extra-nucléaire
d’arrêt en 1 des 2 AA absents chez la plupart des organismes)

2. la machinerie

L’ARN de transfert (schéma)

Les ribosomes (schéma) : ARNr et protéines : différents chez euc et Eub/chloro/mito TRES BIEN penser à chque fois aux organites

3. le fonctionnement
initiation chez euc : activation/inactivation 1 ou plusieurs facteur protéique nécessaires à l’initiation de le traduction : autre étape de régulation de l’expression génique
élongation terminaison : similaire chez les 2
Polyribosome : plusieurs ribosome sur 1 ARNm : plus long chez eub

4. Ciblage
chez Euc, ribosomes libres ds cyto ou lié à RER ou env nucléaire
début de séquence AA particulière (séquence signal) : le ribosome se fixe, poursuite de la synthèe prot dans la lumière du RE (au final, prot liée ou non à la mb, selon sa destination)

III Du polypeptide à la protéine active : modification et transport
1. Modification
que chez euc (j’ai un doute)
repliement (prot chaperonine si besoin)
modifications chimiques : ajout de glucides, lipides, grpt phosphate…
découpage des polypeptides (ex : insuline) bon exemple je pense
association de polypeptide : ssU (ex hémoglobine)

2. Ciblage post traductionnel
Des séquences signal orientent les polypeptides vers mito, chloro, int du noyau, autres organites très bien
Eub : également séquence signal pour les protéines destinées à devenir des protéines de sécrétion

La comparaison du mode d’expression du génome chez Euc et Eub à montrer de nombreuses similitudes : code génétique, grandes étapes (transcription, traduction, ciblage), ainsi que des ressemblances dans les structures moléculaires responsables de ces étapes (ARN pol, ribosomes en partie, ARNt). Ces ressemblances font partie des points qui soutiennent 2 faits importants :
- Il a existé un ancêtre commun aux 2 groupes
- Les mito et les chloro ont une origine endosymbiotique
je me suis demandée s'il fallait pas y consacrer une sous-partie en fait
Chez les euc, l’épissage différentiel, les différents systèmes de régulation (facteur de transcription, facteur de traduction), les modifications post traductionnelle permettent une expression génique différentielle, indispensable pour les multicellulaires. très bien

La compréhension des différences de mécanismes ont permis l’utilisation d’antibiotique qui agissent sur les ribosomes des Eub mais pas ceux des Euc

Ouverture : expression du génome chez les virusok!

ben Corinne, ok le plan est bateau (mais je vais pas critiqué j'ai pas mieux en stock) mais répond au sujet, donc c'est pas mal pour le contenu
je pense que si tu mène bien la leçon avec le tableau c'est good! (à mon avois je dire je sais pas ce qu'en pense les autres, j'ai pas trop regardé je t'avouerai mais je vais le faire après)
il faudrait peut-être juste faire un effort sur les titres
il y a des doublons (ciblage) pour des choses différentes c'ets dommage

par Manoo Lun 9 Nov - 17:17

Marie B je ne commente que celui là ??

Intro
tous les organismes vivants, notamment les Eucaryotes et les Eubactéries, sont le résultat de l'expression d'un "mode d'emploi" j ene sais pas si c'ets bien d'employer cette formule transmis entre générations appelé génome. Il est constitué de l'ensemble des molécules d'ADN de la cellule. Une portion de ce génome est transcrite en ARN, traduits par la suite en protéines (schéma rapide ADN->ADN->protéine) qui permettront le fonctionnement et l'édification de la cellule. Cependant, l'absence de noyau entourant le génome laisse présager l'existence de différences au niveau de la réalisation de cette expression entre les 2 types d'organismes. Par ailleurs, des gènes mitochondriaux et chloroplastiques, organites considérés comme étant dérivés d'une endosymbiose bactérienne dans une cellule eucaryote, ont été intégrés au cours de l'évolution au génome nucléaire. Ces portions de génomes d'origine bactérienne sont donc exprimés par la machinerie eucaryote, il doit donc exister d'importantes similitudes entre les processus bactériens et eucaryotes. Ainsi, on peut se demander :

PB : Quels sont les points communs et les spécificités de l'expression du génome entre les Eucaryotes et les Eubactéries?

tout au long de la lecon on complete un tableau comparatif très bien!

I) de la molécule héréditaire ADN à la molécule informative ARN j'aime bien le titre bein qu'il soit long
1) molécules impliquées
Génome : dans les 2 types d'organismes, il s'agit d'ADN double brin. le circulaire chez Eub, linéaire chez Euc (+ circulaire pour ADN des organites). chez les Eub la quasi totalité de l'ADN est transcrite, alors que chez les EuK, seule une partie est transcrite (montrer des chiffres selon organismes, si possible photo d'1 puce ADN hybridée avec transcriptome d'1 cellule => certains genes ne sont pas exprimés...)
transcription grâce à 1 enzyme spécifique : l'ARN-polymérase (photo MET ARN-pol sur brin ARN RAven fig 15.7)
existe 1 chez Eub, 3 chez Euk : I=> transcrit ARNt; II=> ARNm qui sont traduits en protéines; III=> ARNr

t : comment se déroule la transcription

2) mécanisme(s) de la transcription
initiation : commence au niveau d'un promoteur.
2 séquences principales chez Eub : -35 et -10. sous-unité sigma de l'ARNpol reconnait séquence -10 => fixation
chez EuK : promoteur spécifique à chaque espèce pour polI, promoteur à l'intérieur du gène pour polIII, pour polII : boite TATA (ressemblance avec séquence -10 => origine commune?) + boite CAAT + autres promoteurs variés. le complexe d'initiation de la transcription euk est un complexe multiprotéique constitué de l'ARN-polII + les facteurs généraux de transcription
transcription commence généralement par A ou G
élongation fait intervenir enzymes pour dérouler l'ADN, l'ARN pol synthétise dnas le sens 5'->3'
l'ARNpol recopie le brin sens de l'ADN en remplacant les T par des U, pas de correction possible (=> source d'erreur mais non transmise à la génération suivante )=> l'ARN est complémentaire du brin non sens
chez les EUK, en cours de transcription, l'ARN est modifié : adjonction d'une coiffe côté 5' = GTP avec 1 groupement PO4 en 5' et 1 Me sur le G
chez Eub, transcription se termine au niveau d'un signal stop = série de paires de G-C suivie par une série d'au moins 4 U => forme 1 épingle à cheveu qui permet de séparer l'ARNpol de l'ADN
chez EuK : transcription se termine par une séquence de polyadénylation => adjonction d'une queue polyA côté 3' de l'ARN (schéma transcritpion avec l'ARNm d'1 EuK, en parallèle d'1 ARN eub)
expérience hybridation ADN et ARNm mature de l'ovalbumine fig 15.18 Raven => boucles => une partie du gène n'est pas représentée dans l'ARNm pourtant la synthèse est continue => gènes euk sont consitués de parties exprimées exons et de parties qui sont éliminés du trancrit avant la traduction Introns on a donc épissage des introns. cet épissage peut aussi etre alternatif

t : tous les gènes ne sont pas exprimés au même moment => existence de processus de régulation

3) régulation au niveau transcriptionnel oui c'ets mieux de l'intégré dans les partie en fait (en réf. à ce que j'ai dit à Marlène je crois ou Marie mivoyou)
la transcription est une phénomène régulé
Chez les Eub : les protéines nécessaires au bon fonctionnement de la cellule dépendant du mileu environnant. Ainsi, l'adaptation aux variations de mileu se fait par la synthèse groupée des protéines impliquées dnas 1 meme voie métabolique. Les gènes sont organisés sous formes d'opérons (schéma opéron lactose). l'activation de la transcription de l'opéron est régulée par le milieu et permet la transcription d'1 ARN polycistronqie (cad codant plusieurs proteines)
chez les EuK, surtout chez les pluricellulaires, il peut y avoir spécialisation cellulaire, et généralement recherche du maintien de l'homéostasie. ainsi certains gènes sont réprimés et d'autres activés. la régulation peut se faire soit par accessibilité de l'ADN au complexe trancriptionnel : structure de la chromatine, soit par l'utilisation de facteur d'activation ou de répressions communs aux gènes impliqués dnas des memes voies métaboliques, les facteurs de transcription

t : meme si certains ARN jouent leur rôle en tant que tels, la majorité des ARN servent de code pour l'élaboration de protéines

II) décodage de la molécule informative ARN en protéine
1) passage d'un code nucléotidique à un code acide aminé
la traduction est réalisée à partir des ARN grâce à une molécule adaptatrice, qui fait correspondre, selon un code défini, un triplet de codons de nucléotides à un acide aminé : l'ARNt montrer schéma avec structure ARNt (en L et en trèfle)
expliquer mécanisme de chargement de l'acide aminé sur l'ARNt
ce chargement ne se fait pas au hasard, il est régit par le code génétique (montrer le code génétique et le laisser tout au long de la partie traduction), qui est à qq exceptions près universel montrer code
expliquer étude de Crick pour montrer que le code est un triplet etc

t : quel mécanisme permet ensuite l'assemblage de l'ARNm avec l'ARNt et la construction de la chaine polypeptidique

2) mécanisme(s) de la traduction
Pour la traduction, l'ARN est pris en charge par un ribosome montrer structure ribosome et expliquer succintement sa composition
chez les Eub, cette prise en charge se fait en cours de transcription ce qui est rendu possible par l'absence de compartimentation.
cette prise en charge se fait au niveau du 1er AUG rencontré. le 1er acide aminé est donc une méthionine (montrer sur code); cependant, cette méthionine est modifiée, il s'agit en fait d'une N-formylMet
chez les Euk, cette prise en charge se fait dans le cytoplasme, une fois que les ARNm ont subit toutes les transformations post-transcriptionnelles décrites précédemment. là encore, le 1er Aa est une Met
expliquer (avec schéma) le mécanisme de trnaslocation du ribosome et de l'élongation de la chaine polypeptidique
la traduction se termine dès que les ribosomes rencontrent 1 codon stop (montrer sur code)

3) régulation au niveau traductionnel
chez les Eub, il n'est pas possible d'effectuer une régulation au niveau traductionnel du fait de l'unité de lieu et de temps de la transcription et de la traductionok
chez les Euc, la régulation peut se faire par une déstabilisation des ARNm

t: cependant, les protéines ainsi produites ne sont pas immédiatement fonctionnelles

III) de la protéine traduite à la protéine fonctionnelle
1) acquisition de la bonne structure
acquisition de la structure secondaire, formation de ponts disulfure
acquisition de la structure tertiaire grace aux protéines chaperonnes (ex hsp 60 ou 70 chez Eub) et des strutures IV
clivage des fragments non actifs cas de l'insuline schéma
adjonction de résidus non protéiques : glycoprotéines et protéines lipidiques

2) adressage à l'endroit d'action
adressage nucléaire
adressage vers les autres organites
cas des protéines sécrétées
cas des protéines ancrées dnas la membrane plasmique

Conclusion
l'expression du génomes utilise des processus très similaires (montrer nombreux poins communs sur le tableau + schéma récap du déroulement type fig 15.21 raven) qui sont la transcription et la traduction puis la maturation des protéines, même si quelques étapes supplémentaires dont la maturation des ARN est nécessaire chez les Euk. ceci peut donc laisser penser/ confirmer à une origine commune de ces organismes (merci Corinne PDS n°15 - Page 2 Icon_wink

) et permet d'expliquer comment des gènes mitochondriaux ou chloroplastiques dont le génome est proche de celui des Eub ont pu migrer vers le noyau et etre exprimés grace à la machinerie euc je mettrais cela dans le développement en fait

ouverture : utilisation de bactéries pour produire protéines euc par le génie génétique
je crois qu'il n'y a pas beacoup de commentaires
je trouve que c'est complet hormis le fait que tu ne parles pas des organites
après par rapport au autres il y a des choses que tu ne traites pas mais en même temps il faut choisir
le plan chroinologique me plait (comme déja dit à Corinne)
mais en fait il faudrait quand même y intégrer le coté évolutif origine de la cellule eucaryote etc...
voilà

par Manoo Lun 9 Nov - 17:21

al fin....
à mon avis il faut aussi abordé un fait : la régulation n'a pas le même enjeu dans les 2 cas (fluctuation du milieu dans un cas, et homéostasie dans l'autre)
ensuite il y a aussi (toujours pour la régulation à la quantité d'ADN! heureusement qu'il ya une régulation chez les euk, sinon : consommation d'énergie très importante!!

l'origine de la cellule euk avec ses organites etc... peut-être ne faire uen partie non? je trouve que c'ets ce que l'on attend avec le sujet.... je l'aurais fait en fait mais après je ne sais pas qu'en pensez vous ????

si j'ai d'autre idée je reviens
mais en gros en faisant un mix de vos 4 plans on a tout

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